Орган украшал Концертный зал имени П. И. Чайковского с первых дней. В 1940 году здесь был установлен инструмент немецкой фирмы «Э. Ф. Валькер», с 1840 года находившийся в соборе Свв. Петра и Павла на Невском проспекте в Санкт-Петербурге. Это был один из лучших органов своего времени, на нем обучались студенты Санкт-Петербургской консерватории, в том числе сам Чайковский. Однако при демонтаже и транспортировке в Москву он сильно пострадал. После многоэтапных работ по вводу инструмента в эксплуатацию первый органный концерт состоялся лишь в ноябре 1947 года, играл эстонский органист Хуго Лепнурм. В последующие 12 лет орган звучал нечасто.

В середине 1950-х годов в нашей стране начал стремительно возрастать интерес к органному искусству: при Министерстве культуры СССР была создана Постоянная комиссия по вопросам органостроения, во многих консерваториях стали открываться органные классы. Начался советский органостроительный бум. Его первенцем стал уникальный инструмент Зала Чайковского.

Идею возведения современного органа на месте валькеровского подал чешский органист Иржи Рейнбергеру, в 1956 году посетивший Москву с концертами. Инициатором приобретения нового инструмента стал директор Московской филармонии Митрофан Белоцерковский. По совету выдающегося советского органиста Леонида Ройзмана, председателя упомянутой выше комиссии, изготовление органа было поручено чешской фирме «Ригер-Клосс». Ее мастера блестяще справились с задачей: построенный по последнему слову техники инструмент обладал универсальными ресурсами для исполнения музыкальных произведений разных эпох и стилей; вплоть до 2003 года он оставался самым большим органом Москвы и по-прежнему является одним из крупнейших в России. Для его перевозки из Чехословакии в СССР потребовался специальный состав из восьми вагонов.

Концерт-инаугурация нового органа состоялся 26 сентября 1959 года. Честь первого выступления принадлежала Иржи Рейнбергеру, исполнившему сочинения Пёрселла, Баха, Франка, Дюпре, Хиндемита, Эбена, Сокола и собственную транскрипцию фортепианной прелюдии и фуги Шостаковича. С органом Зала Чайковского связана вся история современного российского органного исполнительства. За 60 лет московская публика познакомилась с органистами практически всех европейских стран, США и Канады. Среди них – крупнейшие в истории исполнительского искусства фигуры: немецкий органист и композитор Иоганнес-Эрнст Кёлер – основатель Баховских фестивалей в Лейпциге, Иоганнес Кестнер – органист Лейпцигской церкви Св. Фомы, Флор Петерс, Жан Гийю, Ги Бове, Оливье Латри, Хуго Лепнурм, Леопольдас Дигриси другие прославленные музыканты.

Несколько поколений публики воспитано на органных концертах Зала Чайковского. На протяжении многих лет огромный интерес слушателей вызывали концерты ежегодного абонемента выдающегося органиста Гарри Гродберга. В наше время в главном зале Московской филармонии регулярно проводятся органные фестивали и выступления крупнейших российских и зарубежных мастеров, большой популярностью пользуются абонементные циклы «Девять веков органа», «Музыка для органа с оркестром».

Орган Зала Чайковского имеет 4 мануала, педальную клавиатуру и 81 регистр. Длина корпуса инструмента – 11 метров, ширина – 6 метров, высота – 8 метров. Внутренняя часть органа состоит из 3 этажей, где расположены 7800 звучащих труб: размер самых больших доходит до 6,5 метра в высоту, 2,6 метра в диаметре, вес – до 220 килограмм; высота самых маленьких – 20 миллиметров, диаметр – со спичечную головку.

Первоначальная диспозиция органа составлена Иржи Рейнбергером при участии Леонида Ройзмана. Впоследствии инструмент дважды реконструировался – в 1970 и 1977 годах, тогда же по инициативе Гарри Гродберга существенно скорректирована диспозиция и увеличено количество регистров. Универсальный состав голосов позволяет исполнять готический, ренессансный и барочный репертуар, включая произведения испанских композиторов, сочинения немецких, французских и английских авторов эпохи романтизма, музыку XX-XXI вв.

Орган Зала Чайковского остается одним из лучших в России. Это национальное достояние и исторический памятник (как с технической, так и с художественной точки зрения). Его визуальный облик – также памятник своей эпохи: аскетичный фасад инструмента как нельзя лучше вписывается в строгие контуры сцены, придавая ей завершенный и величественный вид.