Юрий Ткаченко окончил Российскую академию музыки имени Гнесиных. Был дирижером-ассистентом Владимира Федосеева в Большом симфоническом оркестре имени П. И. Чайковского, главным дирижером и художественным руководителем Ростовского академического симфонического оркестра. Главный приглашенный дирижер Русского симфонического оркестра Фонда Чайковского, в 2004–2015 гг. – главный дирижер Международного юношеского конкурса имени Чайковского (в 2015 году также член жюри).
Заслуженный артист Российской Федерации (2002), заслуженный деятель искусств Республики Дагестан (2014). Заведующий кафедрой оркестрового и оперно-симфонического дирижирования Московского государственного института культуры. Проводит мастер-классы по оперно-симфоническому дирижированию.
Сотрудничает с известными коллективами, среди которых Госоркестр России имени Е. Ф. Светланова, Российский национальный оркестр, оркестры Санкт-Петербургской филармонии, Симфонический оркестр Государственной академической капеллы имени М. И. Глинки, «Русская филармония», «Новая Россия», Президентский оркестр России, оркестры Новосибирской, Омской, Иркутской, Нижегородской, Ярославской, Ростовской и других российских филармоний, Национальный симфонический оркестр Украины, Львовский филармонический и Национальный Одесский филармонический, Государственный академический симфонический оркестр Республики Беларусь, Евразийский симфонический оркестр (Казахстан), Национальный филармонический оркестр Югославии, оркестр Фламандского радио (Бельгия), оркестр провинции Кёнгидо и Prime Philharmonic Orchestra (Южная Корея) и другие.
Выступал в крупнейших концертных залах Москвы, Санкт-Петербурга, Астаны, Токио, Сеула, Мадрида, Барселоны, Варшавы и других культурных центров мира; участвовал в фестиваляхимени Витольда Лютославского и «На перекрестке культур» в Польше, «Европалия-2005» в Бельгии, Сrеsсеndo, Летнем фестивале в Дубровнике и «Сплитско лето» в Хорватии, фестивале телевидения «Фуджи» в Японии,в Третьем фестивале оркестров мира в Москве.
Сотрудничал с известными солистами, в числе которых Денис Мацуев, Виктор Третьяков, Максим Федотов, Владимир Овчинников, Екатерина Мечетина, Лилия Зильберштейн, Алексей Скавронский, Павел Милюков, Никита Борисоглебский, Сергей Крылов, Александр Рамм, Граф Муржа, Сергей Тарасов, Борис Андрианов, Татьяна Васильева, Александр Бузлов, Сергей Антонов, Александр Малофеев, Мирослав Култышев, Дмитрий Илларионов, Артем Дервоед, Михаил и Андрей Ивановы, Игорь Бутман, Аркадий Шилклопер,Маюко Камио и многие другие.
Записал десять альбомов с музыкой И. С. Баха, Моцарта, Мендельсона, Чайковского, Пуленка и др.
Профессор кафедры оперно-симфонического дирижирования Новосибирской государственной консерватории имени М. И. Глинки. Проводит мастер-классы. Дирижер Международного конкурса юных скрипачей в Новосибирске и III Международного конкурса молодых пианистов Grand Piano Competition в Москве.
