Эмманюэль Бертран родилась в 1973 году в Фирмини (Франция). Получила образование в консерваториях Лиона и Парижа, где ее наставниками были Жан Деплас и Филипп Мюллер. С 1999 года артистке оказывал поддержку композитор Анри Дютийё.
Лауреат Международного конкурса Мстислава Ростроповича, Международного конкурса камерной музыки в Японии, Международной академии имени Мориса Равеля, конкурса французского общества ADAMI и др. В 2002 году удостоена премии Victoire de la Musique. В 2011 году получила титул «Артистка года» от читателей журнала Diapason и слушателей национального общественного радио France Musique.
Первая исполнительница произведений (в том числе посвященных ей) многих современных авторов, в числе которых Тьерри Эскеш, Паскаль Амойяль, Бернар Каванна, Николя Бакри, Эдит Кана де Шизи. В 2000 году осуществила мировую премьеру «Песни для Пьера Булеза» (Chanson pour Pierre Boulez) Лучано Берио.
Выступала с Люцернским симфоническим оркестром, Столичным оркестром Большого Монреаля, Национальным оркестром Украины, Уэльским национальным оркестром Би-би-си, Симфоническим оркестром Пусана (Корея), Musica Vitae (Швеция), оркестрами Квебека, радио и телевидения Словении (RTV), Уханя (Китай), Национальными оркестрами Лилля, Иль-де-Франс, Лотарингии, филармоническими оркестрами Страсбурга, Монте-Карло и многими другими.
В течение 15 с лишним лет Эмманюэль Бертран играет в постоянном дуэте со своим мужем – пианистом и композитором Паскалем Амойялем. Преподает камерный ансамбль в Высшей национальной консерватории в Париже и ведет класс виолончели в Консерватории Женвилье, а также проводит международные мастер-классы. Автор и организатор эксклюзивных музыкально-литературных проектов, адаптированных для телевидения.
Записи виолончелистки, выпущенные под лейблами Harmonia Mundi, Arion, Triton, Mirare, неоднократно получали престижные награды, в числе которых Diapason d'Or d’annee, Choc de Classica, Gramophone, Cannes Classical Award, Премия немецких критиков звукозаписи (Preis der deutschen Schallplattenkritik).
Эмманюэль Бертран руководит виолончельным фестивалем в Бове и патронирует Летний фестиваль в замке Басти д'Юрфе (L’Estival de la Bâtie) в Луаре. Кавалер ордена Искусств и Литературы Франции.