Евгений Непало родился в 1936 году в Москве, в семье музыканта. Окончил Музыкальное училище имени Ипполитова-Иванова (1954) и Музыкально-педагогический институт имени Гнесиных (1959, класс профессора И.Ф. Пушечникова). Занимался дирижированием у Н.П. Аносова. С 1954 года начал профессиональную деятельность в оркестре Всероссийского гастрольно-концертного объединения как солист-гобоист; в 1957-1961 гг. — солист Оперно-симфонического оркестра Всесоюзного радио и телевидения под управлением С.А. Самосуда. В составе этого коллектива участвовал в записи десятков опер, симфоний, инструментальных сочинений с такими солистами, как И. Козловский, С. Лемешев, П. Лисициан, Б. Гмыря, Г. Вишневская, Э. Гилельс, Я. Флиер, Г. Баринова, М. Юдина и др.
С 1961 года творческая деятельность Е. Непало связано с Московской филармонией: многие годы он был солистом Государственного академического камерного оркестра России (бывшего Московского камерного оркестра п/р Р.Баршая) и на протяжении 25 лет - директором этого коллектива. В составе оркестра гобоист записал свыше 30 концертов для гобоя, выступал более чем в 300 городах России, ближнего зарубежья и во многих странах мира. Как солист оркестра был партнером Э. Гилельса, Д. Ойстраха, С. Рихтера, Л. Когана, М. Ростроповича, З. Долухановой, И. Менухина и других выдающихся музыкантов. Выступления артиста с огромным успехом прошли на таких знаменитых сценических площадках, как Большой зал Московской консерватории, Карнеги-холл (Нью-Йорк), Музикферайн (Вена), Фестивал-холл (Лондон), Сантори-холл (Токио) и многих других.
С 1995 года Е. Непало является бессменным руководителем созданного им Московского камерного ансамбля «Экселенте».
Творческий почерк Е. Непало — это всегда неповторимый по красоте звук, блестящее владение стилями разных эпох. В любом исполняемом произведении музыкант создает волнующее чувство встречи с шедевром.
С 1963 года Евгений Михайлович Непало преподает специальный гобой и с 1979 года ведет класс камерного ансамбля в своей alma mater — Российской Академии музыки имени Гнесиных. С 2002 года — профессор кафедры духовых инструментов. Более 100 его выпускников работают во многих симфонических и камерных оркестрах России, многие из них — лауреаты международных конкурсов.
В 1997 году Е. Непало удостоен почетного звания «Народный артист России». В 2002 году за большие успехи в музыкальном искусстве награждён Орденом Дружбы, а в 2006 г. — Орденом Почета.