Софи Юнкер окончила Высший институт музыки и педагогики в Намуре и Гилдхоллскую школу музыки и театра в Лондоне, во время учёбы участвовала в постановках опер «Альберт Херринг» Б. Бриттена, «Диалоги кармелиток» Ф. Пуленка, «Старый чудак» Ф. А. Алмейды и «Рита» Г. Доницетти. В 2010 году Софи стала победительницей Международного конкурса имени Г. Ф. Генделя в Лондоне, а в 2012 году — Международного конкурса старинной музыки имени П. Чести в Инсбруке.
Певица выступала в оперных постановках на сцене Английской национальной оперы, Оперы Анже-Нанта (Франция), Королевской оперы Валлонии (Бельгия) и Королевской оперы Версаля, на международных фестивалях в Глайндборне, старинной музыки в Инсбруке, имени Генделя в Гёттингене. В её репертуаре — партии Сюзанны («Свадьба Фигаро» В. А. Моцарта), Серпетты и Деспины («Мнимая садовница» и «Так поступают все» В. А. Моцарта), Марцелины («Фиделио» Л. Бетховена), Олимпии («Сказки Гофмана» Ж. Оффенбаха), Адины («Любовный напиток» Г. Доницетти), Зденки («Арабелла» Р. Штрауса), Софи («Вертер» Ж. Массне), Амура («Орфей и Эвридика» К. В. Глюка), Аталанты и Альмирены («Ксеркс» и «Ринальдо» Г. Ф. Генделя), Белинды («Дидона и Эней» Г. Пёрселла), Итальянской женщины и Прозерпины («Медея» и «Сошествие Орфея в ад» М.-А. Шарпантье), Эвридики («Сошествие Орфея в ад» Ж.-Ф. Рамо), Кайо («Оттон на вилле» А. Вивальди), а также партии в оперетте «Великая герцогиня Герольштейнская» Ж. Оффенбаха и мюзикле «Вестсайдская история» Л. Бернстайна.
Софи Юнкер выступала со многими известными коллективами, среди которых The King's Consort под управлением Роберта Кинга, Gabrieli Consort and Players под управлением Пола Маккриша, Bach Collegium Japan под управлением Масааки Судзуки, Оркестр Века Просвещения, Академия старинной музыки, La Nuova Musica, Early Opera Company, Wiener Akademie, Concerto Cophenhagen, с которыми исполняла партии в Мессе си минор, «Страстях по Матфею» и кантатах И. С. Баха, «Коронационной мессе» В. А. Моцарта, Мессе си-бемоль мажор Ф. Шуберта, оратории «Эсфирь» и Чандосских гимнах Г. Ф. Генделя, Stabat Mater Дж. Б. Перголези, сочинениях А. Скарлатти, М.-А. Шарпантье, Дж. Кариссими и Ф. Куперена. Софи Юнкер выступала с сольными концертами, посвящёнными вокальной музыке Р. Шумана и Ф. Шуберта, на Песенном фестивале в Оксфорде, принимала участие в проекте пианиста Грэма Джонсона, посвящённого музыке Р. Воан-Уильямса, участвовала в исполнении «Королевы фей» Г. Пёрселла в Барбикан-холле и «Альцесты» К. В. Глюка в Кадоган-холле (Лондон), кантаты И. С. Баха «Состязание Феба и Пана» в Часовне Королевского колледжа в Кембридже, выступала с сольным концертом во Дворце изящных искусств в Брюсселе.
В мае 2014 года Софи принимала участие в концертном исполнении оперы К. В. Глюка «Орфей и Эвридика» на сцене Концертного зала имени П. И. Чайковского в сопровождении Московского камерного оркестра Musica Viva.
В прошедшем сезоне Софи Юнкер участвовала в исполнении оперы «Кастор и Поллукс» Ж.-Ф. Рамо в Лондоне (дирижёр Кристиан Кёнын), исполнила партии Друзиллы и Богини добродетели в опере «Коронация Поппеи» и Меланто и Фортуны в «Возвращении Улисса на родину» К. Монтеверди с Академией старинной музыки в Барбикан-центре в Лондоне
и в Бухаресте (дирижёр Ричард Эгарр), пела в «Страстях по Матфею» И. С. Баха в сопровождении оркестра Gabrieli Consort and Players в Швейцарии, сотрудничала с Оперой Лафайет в США («Сафо» Ж.-П. Э. Мартини) и Оперой Льежа (оперетта «Золушка» П. Виардо).
