Андрей Зубенко родился в 2000 году в Нижнем Тагиле. Обучался в городской Детской музыкальной школе № 1 имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Лилии Козловой) и Уральской специальной музыкальной школе (класс Ирины Мезриной). В 2024 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс профессора Владимира Иванова). Принимал участие в мастер-классах Ролло Ковака, Максима Федотова, Александра Тростянского, Владимира Иванова, Алексея Кошванца, Михаила Гантварга, Александра Шустина.
Лауреат Международного конкурса молодых исполнителей «Искусство XXI века» (Италия, 2011, I премия), IV Международного конкурса «Браво!» (Болгария, 2013, I премия), XII Молодежных Дельфийских игр России (Новосибирск, 2013, Бронзовая медаль) III Всероссийского конкурса «Юные таланты» (Уфа, 2014, II премия), XI Международного конкурса юных исполнителей имени Леопольда и Мстислава Ростроповичей (Оренбург, 2014, II премия), VII Демидовского международного юношеского конкурса скрипачей «ДеМЮКС-IX» (Екатеринбург, 2015, II премия), победитель XVI Молодежных Дельфийских игр России и XII Молодежных Дельфийских игр государств-участников СНГ в Екатеринбурге (2017).
Лауреат Общероссийского конкурса «Молодые дарования России» (2013). Участник Образовательного центра «Юрий Башмет – молодым дарованиям России», победитель Всероссийского фестиваля-конкурса «Волшебство звука» (2015). Обладатель именной премии благотворительного фонда «Создаем будущее (2023).
Выступал как солист с симфоническими оркестрами под управлением Фабио Мастранджело, Игоря Манашерова, Максима Алексеева, Феликса Коробова, Александра Чернушенко, Антона Шабурова, Александра Титова, Александра Канторова, Андрея Колясникова, Олега Солдатова.
Концерты музыканта проходили в залах Мариинского театра, Московской консерватории, Московского международного Дома музыки, Санкт-Петербургской, Свердловской, Поморской, Северо-Кавказской, Тульской, Нижегородской, Тверской филармоний, Государственного Эрмитажа, МКЗ «Зарядье», в Государственном театре оперы и балета имени И. М. Яушева (Саранск), Центральном концертном зале «Казахстан» (Астана), Национальной библиотеке Королевства Марокко (Рабат) и на других площадках.
Участник концертных программ Международного благотворительного фонда Владимира Спивакова, фестиваля «Денис Мацуев представляет…».
Участник программ Санкт-Петербургского Дома музыки с 2016 года. Финалист проекта «Река талантов» (2021).
Играет на скрипке работы Джузеппе Джованни Баттиста Гварнери (1719), предоставленной Санкт-Петербургским Домом музыки.