Антонелло Манакорда родился в 1970 году в Турине. Учился игре на скрипке в Туринской консерватории у Серджио Ламберто. Продолжил занятия в Амстердаме у Германа Кребберса, затем совершенствовался под руководством Эдуарда Шмидера и Франко Гулли. В 1994 году по приглашению Клаудио Аббадо стал концертмейстером Малеровского молодежного оркестра, в 1997-м под руководством Аббадо участвовал в формировании Малеровского камерного оркестра, где в течение восьми лет был концертмейстером и вице-президентом.
В 2001 году дебютировал как дирижер в оперном театре Ломбардии («Милосердие Тита» Моцарта). Стажировался в Хельсинки у Йормы Панулы. В начале карьеры работал с Симфоническим оркестром Пярну (Эстония), Новым камерным оркестром Бамберга, оркестром Падуи и Венето. В 2003–2006 гг. руководил программой камерной музыки Европейской академии музыки на фестивале в Экс-ан-Провансе.
С 2010 года – художественный руководитель оркестра «Камерная академия Потсдама» (Kammerakademie Potsdam). В 2006–2010 гг. был главным дирижером миланского оркестра I Pomeriggi Musicali, в 2011–2019 гг. – Арнемского филармонического оркестра (Het Gelders Orkest) в Нидерландах. Как приглашенный дирижер сотрудничал с оркестрами Франкфуртского радио, Итальянской Швейцарии, Филармоническим оркестром Би-би-си, Tapiola Sinfonietta, Шотландским и Шведским камерными оркестрами, симфоническими оркестрами Ставангера и Сиднея и др. Кроме того, Антонелло Манакорда дирижировал в Лионской опере, театрах Ла Скала в Милане и Ля Фениче в Венеции, Театре ан дер Вин в Вене, на Глайндборнском фестивале и многих других оперных сценах мира. Весной 2018 года представил премьеры опер «Африканка» Мейербера во Франкфуртской опере и «Сон в летнюю ночь» Бриттена в Театре ан дер Вин.
В сезоне 2018/19 дебютировал в лондонском Королевском театре Ковент-Гарден с «Травиатой» Верди, а также дирижировал в новых постановках опер «Волшебная флейта» Моцарта в Национальной опере Амстердама и Королевском театре де ля Монне в Брюсселе, «Альцеста» Глюка в Баварской государственной опере, «Дон Жуан» Моцарта в Венской государственной опере. В этом же сезоне выступил с Роттердамским филармоническим оркестром, Бамбергским симфоническим, оркестрами Берлинского и Северогерманского радио (NDR), исполнил все симфонии Брамса с Kammerakademie Potsdam. В течение последних сезонов сотрудничал также с Венским симфоническим оркестром, оркестрами Штутгартского и Датского радио, Гётеборгским симфоническим и Хельсинкским филармоническим оркестрами.
Записал все симфонии Шуберта с Kammerakademie Potsdam для Sony Classical. В 2015 году альбом со Второй и Четвертой симфониями был удостоен премии ECHO Klassik в категории «Лучший оркестр года». На том же лейбле Манакорда инициировал запись всех симфоний Мендельсона, и первые три диска этого собрания уже получили высочайшие оценки международной прессы. Кроме того, в дискографии дирижера – Четвертая симфония Малера, сочинения Дебюсси, Равеля, Берлиоза и Гайдна.