В детстве Барбара пела в хоре Чешской филармонии, вместе с этим коллективом участвовала в спектаклях Государственного оперного и Национального театров в Праге, гастролировала во многих странах мира, в том числе в США, где концерты хора проходили в нью-йоркском Карнеги-холле. Позднее она обучалась в Карловом университете по специальностям «хоровое дирижирование», «церковная музыка» и «музыковедение». Посещала мастер-классы исполнения старинной музыки у Мариуса ван Альтены, Петера Кооя, Джулии Хасслер, Говарда Крука и Джоэла Фредериксена. В настоящее время продолжает обучение в аспирантуре, специализируясь на григорианском пении.
Барбара Кабаткова часто выступает как солистка с известными европейскими ансамблями, в том числе с Collegium Vocale Gent, Collegium Marianum, Musica Florea, Capella Regia, Ensemble Inégal, Hipocondria Ensemble, Doulce Mémoire и Berg Orchestra. Является артисткой вокальных коллективов Collegium Vocale 1704 и Cappella Mariana. Участвовала во многих престижных фестивалях старинной музыки в Чехии, Австрии, Германии, Франции, Бельгии, Нидерландах, Италии и Испании. На фестивале «Пражская весна» выступала в масштабном проекте Bach-Prague, в рамках которого прозвучали Месса си минор, Рождественская оратория, «Страсти по Иоанну» и «Страсти по Матфею» И. С. Баха. С ансамблем Collegium Vocale 1704 певица исполняла сочинения Яна Дисмаса Зеленки на фестивалях в Дрездене и Ла Шез-Дьё и осуществила запись Missa Votiva для французского лейбла Zig-Zag.
Барбара пела в премьере реконструированной оперы Вивальди «Аргиппо» в сопровождении оркестра Hofmusici под управлением Ондржея Мацека. В пражском Национальном театре принимала участие в постановках оперы Клаудио Монтеверди «Орфей» (с ансамблем Concerto под управлением Роберто Джини), мелодрамы Йозефа Сука «Радуз и Магулена» (с ансамблем Collegium 1704 под управлением Вацлава Лукса) и «Dances» Луи Андриссена (с Berg Orchestra, дирижёр – Петер Врабель).
Наряду с пением Барбара играет на средневековых арфах и псалтериуме и возглавляет ансамбль старинной музыки Tiburtina. Преподаёт теорию григорианского пения и дирижирование в Карловом университете. Много времени посвящает изучению чешской традиции григорианского пения, участница исследовательской группы Fontes Cantus Bohemiae.