Дарья Филиппенко родилась в 1983 году в Минске, где обучалась у Натальи Зайцевой и Лючии Ластовки. В 2001 году продолжила образование в Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского у профессоров Галины Одинец и Александра Бондурянского. В студенческие годы принимала участие в фестивалях в России, Беларуси, Бразилии, США, Германии, Франции, Италии, Швейцарии, Великобритании и других странах.
Была удостоена Гранта Татьяны Гайдамович «За достижения в области камерного исполнительства» Международного союза музыкальных деятелей, а также гранта Ассоциации камерной музыки и приза компании Thomastik-Infield на Международной летней академии (ISA) в Австрии.
В составе камерного ансамбля стала лауреатом II премии и обладательницей приза зрительских симпатий на XIII Международном конкурсе имени Иоганнеса Брамса в Австрии (2006) и обладательницей Гран-при III Международного конкурса камерных ансамблей в Чесапике (США, 2008).
Ведет активную концертную деятельность, выступает на международных фестивалях, выпускает записи на дисках и стриминговых платформах. В 2022 году фирмой «Мелодия» выпущен альбом произведений Александра Чайковского, записанный с участием Дарьи Филиппенко. Осенью того же года состоялась презентация сольного диска альтистки с произведениями Гарри Кроула.
Среди партнеров артистки по сцене – Никита Борисоглебский, Гайк Казазян, Леонид Железный, Борис Андрианов, Владимир Бальшин, Кристина Блаумане, Борис Березовский, Яков Кацнельсон, Луис Густаво Карвальо и другие. Сотрудничает с композиторами Александром Чайковским, Кузьмой Бодровым, Павлом Кармановым, Гарри Кроулом, Джорджем Стивенсоном и другими.
Выступала в Большом зале Московской консерватории, Московском концертном зале «Зарядье», залах Московской филармонии и Московского международного Дома музыки, Государственной капелле Санкт-Петербурга. Как солистка сотрудничала с Государственным симфоническим оркестром «Новая Россия», Московским государственным академическим симфоническим оркестром, Академическим симфоническим оркестром имени С. В. Рахманинова, Тюменским филармоническим оркестром, Симфоническим оркестром Гуйяна (Китай), Государственным камерным оркестром Республики Беларусь, Музыкальной капеллой «Сонорус» (Беларусь).
Играет на альте мастера Марии Стрельниковой (2009).
