Джон Скотт родился в 1956 году в г. Уэйкфилд (Йоркшир, Великобритания). Учиться музыке начал в местном хоре мальчиков. Еще школьником он был награжден дипломом и несколькими призами от Королевского колледжа органистов. Дальнейшее образование он получил в Кембридже, где его педагогами по органу были Джонатан Байелби, Ральф Даунс, Джеймс Джиллиан Уейр. В 21 год Джон дебютировал в Альберт-холле в рамках Променадных концертов, став самым молодым солистом-органистом в истории этого знаменитого лондонского фестиваля.
После учебы в Кембридже музыкант стал работать в двух англиканских церквях Лондона — Соборе Святого Павла и Саутваркском соборе. К тому времени он был лауреатом конкурсов органистов в Манчестере (1978) и баховского конкурса в Лейпциге (1984). В 1985 году он получил должность главного органиста Собора Святого Павла, а через пять лет стал здесь музыкальным директором. В течение 26 лет он возглавлял Хор собора и организовывал концертные программы. Джон Скотт был ответственным за музыкальную часть таких знаковых мероприятий, как празднование нового тысячелетия, 100-летнего юбилея Ее Величества Королевы-матери и золотого юбилея Ее Величества Королевы (по этому случаю Скотт сочинил специальный гимн), а также траурного мероприятия памяти жертв теракта 11 сентября 2001 года. Под руководством Дж. Скотта Хор Собора Св. Павла гастролировал в Европе, Японии, Северной и Южной Америке, осуществил множество записей, выступил с известными оркестрами и ансамблями, представил несколько мировых премьер. За свою многолетнюю работу в Соборе Святого Павла Джон Скотт награжден Королевским Викторианским орденом IV степени (лейтенант).
С 2004 года он является органистом и музыкальным руководителем мужского хора в Соборе Св. Томаса на Пятой авеню в Нью-Йорке.
Органные концерты Джона Скотта проходят на пяти континентах. Он исполняет много новых произведений, созданных специально для него современными композиторами, сотрудничает с разными ансамблями. В 1989 году он открывал новый орган Rieger в Культурном центре Гонконга, а в 1990 году в числе пяти крупнейших органистов мира был приглашен выступить в Вашингтонском кафедральном соборе по случаю окончания его строительства.
В последнее время органист наиболее часто выступает в США, Великобритании, Германии, Голландии, Дании, Швейцарии, Италии, Южной Африке, Словакии, Австралии и Новой Зеландии. Это — концерты в Symphony Hall в Бирмингеме, Соборе Парижской Богоматери, Соборе Святого Стефана в Вене, Кёльнском соборе, Зале У. Диснея в Лос-Анджелесе, лондонских Альберт-холле и Королевском фестивальном зале, Вестминстерском аббатстве, Соборе Святого Павла, Королевском колледже в Кембридже, на Орхусском органном фестивале в Дании.
Из наиболее значимых проектов Дж. Скотта следует отметить циклы из всех органных произведений Баха, Букстехуде, Мессиана, Франка, а также всех органных симфоний Вьерна и Видора, прозвучавших в Лондоне и Нью-Йорке.
Помимо концертной деятельности, Джон Скотт пишет музыку для хора и органа. Под его редакцией вышла антология церковной музыки в Oxford University Press.
В дискографии Дж. Скотта — записи органных произведений Э. Элгара, У. Матиаса, М. Дюрюфле, Ж. Депре и Ф. Мендельсона. Кроме того, он исполнил партию органа в Глаголической мессе Яначека с Лондонским симфоническим оркестром под управлением Майкла Тилсона Томаса, а недавно сделал запись на органе Национального собора Вашингтона (для лейбла JAV).
В 1998 году Дж. Скотт был номинирован на звание «международный исполнитель года» Американской гильдией органистов в Нью-Йорке. В прошлом он был президентом Объединенной Ассоциации органистов и входил в состав жюри международных конкурсов, в том числе в Манчестере, Дублине, Шартре, Далласе, Сент-Олбансе, Эрфурте и конкурса имени Баха/Листа в Веймаре. В 2007 году Джон Скотт удостоен звания почетного доктора Англо-католический семинарии (Nashotah House Seminary) штата Висконсин, США.