Е-Юн Чой родилась в 1988 году в Сеуле. Начала занятия на скрипке в возрасте 7 лет в Корейском национальном университете искусств, в 10 лет дала свой первый концерт с Сеульским филармоническим оркестром. В 2004 году поступила в Мюнхенскую Высшую школу музыки и театра (класс профессора Анны Чумаченко). С 2005 года – стипендиат Фонда Анне-Софи Муттер, с которой регулярно выступает в камерных ансамблях. Их совместные концерты с виолончелистами Кианом Солтани, Даниэлем Мюллер-Шоттом, альтистом Владимиром Бабешко проходят в лучших залах США, стран Европы и Азии, среди которых венский Концертхаус, Берлинская филармония, Альте Опер во Франкфурте, Карнеги-холл в Нью-Йорке, Сантори-холл в Токио.
В 2009 году Е-Юн Чой дебютировала с Нью-Йоркским филармоническим оркестром под управлением Алана Гилберта. Выступала также с Национальным оркестром Бельгии, Фестивальным оркестром земли Шлезвиг-Гольштейн, Уральским академическим филармоническим оркестром (на фестивале «Безумный день» в Нанте), симфоническими оркестрами Монреаля, Индианаполиса, Мюнхенского радио, Новым Японским филармоническим оркестром, оркестром японской вещательной корпорации NHK, Английским камерным оркестром, Камерным оркестром Кухмо, Новым камерным оркестром Потсдама под управлением Иржи Белоглавека, Япа ван Зведена, Дмитрия Лисса, Риккардо Мути, Кента Нагано, Андре Превина, Кристофа Эшенбаха, Мариса Янсонса.
Е-Юн Чой – частый гость фестивалей в Сочи, Казани, Красноярске, Шлезвиг-Гольштейне, Локенхаусе, Кронберге, Морицбурге, Рейнгау, Дрездене, регионе Мекленбург – Передняя Померания, Асиаго, Эвиане, Гданьске, Вербье, Токио и др. В числе ее партнеров по сцене – скрипач Гидон Кремер, альтист Юрий Башмет, виолончелисты Линн Харрелл, Даи Мията, пианисты Пламена Мангова, Хатия Буниатишвили и другие.
Среди важнейших ангажементов 2019–2021 гг. – концерты с филармоническими оркестрами Би-би-си и Люксембурга, Государственным симфоническим оркестром «Новая Россия» и камерным ансамблем «Солисты Москвы» под управлением Юрия Башмета, Симфоническим оркестром Сингапура под управлением Ханса Графа, исполнение скрипичного концерта «Метаморфозы» Кшиштофа Пендерецкого с Филармоническим оркестром Немецкого радио под управлением автора и Скрипичного концерта Сибелиуса с Эстонским национальным симфоническим оркестром под управлением Неэме Ярви.
Е-Юн Чой играет на скрипке работы Джованни Баттиста Гваданини 1782 года.