Екатерина Бегунович окончила Красноярский государственный колледж искусств имени П. И. Иванова-Радкевича по специальности «хоровое дирижирование» и продолжила обучение в Сибирском государственном институте искусств имени Дмитрия Хворостовского (класс профессора Веры Барановой). В 2023 году удостоена персональной стипендии имени Е. Ф. Гнесиной и Российской национальной премии «Студент года».
Участвовала в мастер-классах Анны Аглатовой, Кристиана Коха, Божены Феранцевой, Петера Феранца, Любови Петровой, Паоло Брессана, Фердинанда фон Ботмера, Софии Муноз, Ольги Сосновской, Симоне Марии Марциали, Анатолия Кузнецова, Марины Шутовой, Алексея Лаврова, Марии Людько, Яны Мамоновой, Георга фон Блюмеля.
В 2021–2022 гг. принимала участие в Образовательно-творческом кластере Енисейской Сибири к 60-летию со дня рождения Дмитрия Хворостовского – исполнила партию Сюзанны в опере «Свадьба Фигаро» Моцарта.
Победительница Всероссийского конкурса академического пения «Вдохновение» в Абакане (2020, 2023), Международного конкурса юных вокалистов на приз Ольги Сосновской в Краснодаре и Москве (Гран-при, 2021), Всероссийского творческого конкурса «Маэстро» в Красноярске (Гран-при, 2023), Молодежных Дельфийских игр России в Саратове (2023), Международного конкурса вокалистов имени Л. В. Мясниковой в Новосибирске (2024).
Лауреат Международного конкурса молодых оперных певцов имени С. Я. Лемешева в Твери (IIпремия), Молодежных Дельфийских игры государств-участников СНГ в Бишкеке (серебряная медаль, 2023), Международного конкурса вокалистов имени М. И. Глинки (II премия, 2024).