Екатерина Санникова родилась в Тернополе (Украина). Окончила Тверской музыкальный колледж имени М. П. Мусоргского и вокальный факультет Санкт-Петербургской государственной консерватории имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Ольги Кондиной).
Лауреат Международного фестиваля-конкурса «Три века классического романса» в Санкт-Петербурге (2016, I премия), конкурса «Опералия» Пласидо Доминго в Москве (2021, специальная премия CulturArte). В 2016–2017 годах была солисткой Санкт-Петербургского театра «Мюзик-Холл», театра «Зазеркалье» и Театра оперы и балета консерватории.
В 2017 году стала стипендиатом Программы Аткинс в Мариинском театре. Принимала участие в фестивалях «Звезды белых ночей», Дальневосточном фестивале «Мариинский» во Владивостоке. Гастролировала с оркестром Мариинского театра в США. Также выступала в Оперном театре Ниццы с оркестром «Северная симфония» под управлением Фабио Мастранджело и на оперном фестивале Operosa в Черногории, где исполнила партии Иоланты в одноименной опере Чайковского и Микаэлы («Кармен» Бизе).
В репертуаре певицы – более 20 оперных партий, в том числе Иоланта, Иоанна («Иоланта», «Орлеанская дева» Чайковского), Ольга, Вера Шелога, Купава, Оксана («Псковитянка», «Боярыня Вера Шелога», «Снегурочка», «Ночь перед Рождеством» Римского-Корсакова), Клара («Обручение в монастыре» Прокофьева), Фьордилиджи («Так поступают все женщины» Моцарта), Недда («Паяцы» Леонкавалло), Мими («Богема» Пуччини), Примадонна, Ариадна («Ариадна на Наксосе» Р. Штрауса) и другие.