Елена Манистина родилась в Саратове в артистической семье. Окончила Саратовскую государственную консерваторию имени Л. В. Собинова. В студенческие годы выступала в Саратовском академическом театре оперы и балета имени Н. Г. Чернышевского.
В 2000 году окончила Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс Ирины Архиповой), в 2002 году – ассистентуру-стажировку МГК. В 1999 была принята в Московский академический музыкальный театр имени К. С . Станиславского и Вл. И. Немировича-Данченко, в 2000 году – в оперную труппу Большого театра.
Лауреат международных конкурсов имени М. И. Глинки (III премия, 1997), имени П. И. Чайковского (II премия, 1998), имени Бюль-Бюля в Баку (I премия, 2000), «Опералия» Пласидо Доминго в Париже (I премия, 2002), Международного конкурса вокалистов в Китае (II премия, 2002), имени Франсиско Виньяса в Барселоне (III премия, 2003).
Удостоена премии фестиваля «Московские дебюты» за исполнение партии Дуэньи в опере «Обручение в монастыре» Прокофьева (2001), Премии Фонда Ирины Архиповой (2002), почетного звания «Заслуженная артистка Российской Федерации» (2010).
Выступала в Королевском оперном театре Ковент-Гарден в Лондоне, Национальной опере и Театре Шатле в Париже, Опере Бордо, Марсельской муниципальной опере, Опере Авиньона, Театре Капитолия Тулузы, Большом театре Лисеу в Барселоне, Опере Овьедо, Опере Лас-Пальмас, театре Арена ди Верона, Театре Комунале в Болонье, Театре Карло Феличе в Генуе, Опере Монте-Карло, Баварской государственной опере, Немецкой опере в Берлине, Опере Франкфурта, Королевском театре де ла Монне в Брюсселе, Фламандской опере в Антверпене и Генте, Опере Мальмё, Опере Дублина, Мариинском театре в Санкт-Петербурге, Метрополитен-опере в Нью-Йорке, Вашингтонской национальной опере, Опере Лос-Анджелеса, Канадской оперной компании в Торонто, Муниципальном театре Сантьяго в Чили и других театрах. Принимала участие в Мюнхенском оперном фестивале, Афинском фестивале, Глайндборнском фестивале.
В репертуаре певицы – Графиня, Ларина / Няня, Княгиня Евпраксия Романовна («Пиковая дама», «Евгений Онегин», «Чародейка» Чайковского), Хозяйка корчмы / Марина Мнишек, Марфа («Борис Годунов», «Хованщина» Мусоргского), Епанчина («Идиот» Вайнберга), Ульрика, Прециозилла, Миссис Квикли, Азучена («Бал-маскарад», «Сила судьбы», «Фальстаф», «Трубадур» Верди), Бабуленька (участница мировой премьеры первой редакции), Элен Безухова, Дуэнья («Игрок», «Война и мир», «Обручение в монастыре» Прокофьева), Амелфа, Любаша, Весна, Бабариха («Золотой петушок», «Царская невеста», «Снегурочка», «Сказка о царе Салтане» Римского-Корсакова), Старуха («Кандид» Бернстайна), Ежибаба («Русалка» Дворжака, первая исполнительница в Большом театре), Ратмир («Руслан и Людмила» Глинки), Сосострис («Свадьба в Иванову ночь» Типпетта), Баба-Турчанка («Похождения повесы» Стравинского) и другие партии.