Евгений Акимов окончил вокальный факультет Ленинградской государственной консерватории имени Н. А. Римского-Корсакова (класс профессора Льва Морозова). Лауреат I Международного конкурса имени Николая Печковского (Санкт-Петербург, 1994).
С 1991 года – солист Детского музыкального театра «Зазеркалье». В 1996 году принят в труппу Мариинского театра.
На сцене Мариинского театра исполнил свыше 40 оперных партий, среди которых Баян («Руслан и Людмила» Глинки), Юродивый и Самозванец, Шуйский («Борис Годунов» Мусоргского), Берендей, Иван Лыков («Снегурочка», «Царская невеста» Римского-Корсакова), Ленский («Евгений Онегин» Чайковского), Мефистофель, Пьер Безухов («Огненный ангел», «Война и мир» Прокофьева), Дон Оттавио («Дон Жуан» Моцарта), Граф Альмавива («Севильский цирюльник» Россини), Эдгар («Лючия ди Ламмермур» Доницетти), Герцог Мантуанский, Альфред («Риголетто», «Травиата» Верди), Хозе («Кармен» Бизе), Рудольф, Пинкертон («Богема», «Мадам Баттерфляй» Пуччини).
Принимал участие в совместных постановках Мариинского театра с Оперой Сан-Франциско («Обручение в монастыре» Прокофьева) и театром Ла Скала («Борис Годунов»), а также выступал в Метрополитен-опере, лондонском Королевском театре Ковент-Гарден, Парижской опере, Королевском театре в Турине, Большом национальном театре Китая, Академии Санта-Чечилия в Риме. Сотрудничал с выдающимися музыкантами современности, среди которых певцы Пласидо Доминго, Ферруччо Фурланетто, Джузеппе Джакомини, дирижеры Мстислав Ростропович, Валерий Гергиев, Лорин Маазель, Юкка-Пекка Сарасте, Джанандреа Нозеда и многие другие.
Дискография певца включает аудиозаписи опер «Борис Годунов» Мусоргского «Царская невеста» Римского-Корсакова, «Обручение в монастыре», «Любовь к трем апельсинам» и «Семён Котко» Прокофьева, «Франческа да Римини» и «Алеко» Рахманинова, а также его поэмы Рахманинова «Колокола»; а также DVD-записи опер «Обручение в монастыре», «Князь Игорь» и поэмы «Колокола».
Евгений Акимов удостоен звания заслуженного артиста России, национальной театральной премии «Золотая маска» и высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит»; награжден двумя медалями общества Сергея Рахманинова за участие в исполнении оперы «Франческа да Римини» и поэмы «Колокола».