Евгений Ильин родился в Магнитогорске. Окончил Магнитогорский музыкальный колледж и Российскую академию музыки имени Гнесиных по специальности «Дирижер хора» (классы М. М. Никитиной и профессора С. Д. Гусева), а также Государственный музыкально-педагогический институт имени М. М. Ипполитова-Иванова по специальности «Оперно-симфоническое дирижирование» (класс профессора В. А. Понькина).