Евгений Никитин родился в Мурманске. В 1997 году окончил Санкт-Петербургскую государственную консерваторию имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Булата Минжилкиева). В конце 90-х стал лауреатом международных конкурсов оперных певцов имени Н. К. Печковского и имени Н. А. Римского-Корсакова в Санкт-Петербурге, а также конкурса имени П. И. Чайковского в Москве. Еще студентом IV курса Евгений был приглашен в труппу Мариинского театра. C тех пор певец принимает участие в самых значительных постановках театра. Он исполнил более 30 оперных партий, включая заглавные роли в операх «Евгений Онегин», «Свадьба Фигаро», «Демон», «Князь Игорь», «Дон Жуан», «Алеко». За исполнение партии Григория Грязного в «Царской невесте» был удостоен высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» (в номинации «Лучшая роль в музыкальном театре», 2005).
Особое место в репертуаре певца занимают вагнеровские партии: Голландец («Летучий голландец»), Вотан («Золото Рейна» и «Зигфрид»), Амфортас и Клингзор («Парсифаль»), Гунтер («Гибель богов»), Фазольт («Золото Рейна»), Генрих Птицелов и Фридрих фон Тельрамунд («Лоэнгрин»), Погнер («Нюрнбергские мейстерзингеры»).
Музыке Вагнера посвящен и первый сольный альбом певца, записанный в 2015 году с Льежским филармоническим оркестром под управлением Кристиана Арминга. В него вошли сцены из опер «Лоэнгрин», «Тангейзер», «Летучий голландец» и «Валькирия».
Мастерство и талант артиста неоднократно отмечались отечественной и зарубежной критикой. «Слушая сильный и в то же время насыщенный голос Евгения Никитина, восхищаясь его безупречным и свободным владением всем звуковым диапазоном и любуясь его героическим обликом, завораживающим не меньше, чем его голос, невозможно не вспомнить о Шаляпине. Никитин транслирует ощущение власти, сочетающееся с широкой палитрой завуалированного сострадания, испытываемого великим исполнителем по отношению к своему персонажу» (MatthewParis.com). «Никитин оказался наиболее интересным певцом, он привнес тепло и удивительную мощь в суровое третье действие «Зигфрида» (New York Times).
В последнее время певец много выступает на сценах крупнейших театров мира: Метрополитен-опере в Нью-Йорке, Театре Шатле в Париже, Баварской государственной опере, Венской опере. Среди наиболее заметных ангажементов – главная роль в опере «Узник» Л. Даллапикколы в Парижской опере и в Мариинском театре (российская премьера, 2015), участие в новой постановке «Огненного ангела» Прокофьева в Баварской опере (реж. Барри Коски), в постановке «Фиделио» Бетховена на Венском фестивале (реж. Дмитрий Черняков), в концертном исполнении «Лоэнгрина» Вагнера с оркестром Консертгебау (дирижер Марк Элдер). В минувшем сезоне Евгений Никитин выступил в серии премьерных показов «Тристана и Изольды» в Метрополитен-опере, где спел партию Курвенала в постановке Мариуша Трелинского с Ниной Штемме, Рене Папе, Екатериной Губановой; также исполнил партию Иоканаана в новом спектакле Мариинского театра «Саломея».
С участием Евгения Никитина в Мариинском театре были записаны «Борис Годунов» и «Семен Котко». На записях лейбла Mariinsky голос певца звучит в «Царе Эдипе» (Креонт), «Семене Котко» (Ременюк), «Золоте Рейна» (Фазольт), «Парсифале» (Амфортас). С Лондонским симфоническим оркестром и Валерием Гергиевым выпущены записи Восьмой симфонии Малера и «Ромео и Джульетты» Берлиоза, с оркестром «Музыканты Лувра» и Марком Минковски – «Летучий голландец» Вагнера.