Евгений Никитин получил образование в Московском военно-музыкальном училище и на военно-дирижерском факультете при Московской государственной консерватории. Был дирижером оркестра Военного университета Министерства обороны РФ.
С 1998 года работает в Президентском оркестре Российской Федерации. Принимал участие в мероприятиях правительственного уровня, включая торжественные церемонии вступления в должность Президента Российской Федерации.
Дирижировал спектаклями театра «Кремлевский балет», Симфоническим оркестром Министерства обороны Российской Федерации, Образцово-показательным оркестром внутренних войск МВД России и Государственным концертным оркестром духовых инструментов имени В. Н. Еждика. Заслуженный артист России.