Евгений Самойлов окончил дирижерский факультет Ленинградской
консерватории (1978). Был дирижером Филармонического оркестра
Ростова-на-Дону и Московского государственного малого симфонического
оркестра. Выступал в качестве приглашенного дирижера симфонических
оркестров России, Молдавии и Турции.
В Московском театре «Новая Опера» Евгений Самойлов работает с 1993 года. Он является музыкальным руководителем спектаклей «Двое Фоскари» и «Набукко» Дж. Верди, «Демон» А. Рубинштейна, «Снегурочка» Н. Римского-Корсакова, «Князь Игорь» А. Бородина, дирижирует операми «Севильский цирюльник» Дж. Россини, «Норма» В. Беллини, «Риголетто» и «Трубадур» Дж. Верди, «Лоэнгрин» Р. Вагнера, «Цыганы» Р. Леонкавалло, «Саломея» Р. Штрауса, «Евгений Онегин», «Мазепа» и «Иоланта» П. Чайковского, «Руслан и Людмила» М. Глинки, балетами «Щелкунчик» П. Чайковского, «Шехеразада» Н. Римского-Корсакова, «Половецкие пляски» А. Бородина, «Жизель» А. Адана, «Болеро» М. Равеля, дивертисментом «Россини», концертными программами, в том числе «Иоганн Штраус, король вальсов», Opera@Jazz, Viva Verdi! и «Рихард Вагнер».
Евгений Самойлов записал два компакт-диска с оркестром «Новой Оперы» (произведения Н. Мясковского), участвовал в записи дисков «Хор Московского театра “Новая Опера”» и «Солисты Московского театра “Новая Опера”», а также музыкального приложения к книге В. Астафьева и Е. Колобова «Созвучие».
Сотрудничал с театром Боннская опера (музыкальный руководитель спектакля «Пиковая дама» в постановке Ю. Любимова). С 2005 по 2009 год являлся художественным руководителем и дирижером Омского академического симфонического оркестра.
Заслуженный артист России. Лауреат премии Фонда Евгения Колобова «За беззаветное служение оперному искусству».