Гюнтер Рост родился в 1974 году в Вюрцбурге (Германия). Обучался у Гюнтера Каунцингера и Мари-Клер Ален. Неоднократно становился лауреатом международных музыкальных конкурсов, в частности имени И. С. Баха в Лейпциге и конкурса в Далласе. Удостоен Государственной премии Баварии за развитие искусства.
В 2002 году Гюнтер Рост стал преподавателем Университета музыки и театра в Граце (Австрия), где в настоящее время возглавляет кафедру церковной и органной музыки, а также руководит центром органных исследований, в котором ведется разработка электронных и гибридных переносных концертных органов. Музыкант неоднократно входил в жюри международных органных конкурсов и проводил мастер-классы, в частности в Королевской академии музыки в Лондоне, Музыкальном университете имени Фридерика Шопена в Варшаве, Санкт-Петербургской и Московской консерваториях.
Художественный руководитель ежегодного органного фестиваля Orgelfrühling Steiermark. Активно пропагандирует органную музыку, организовал масштабный проект по записи звучания уникальных органов Штирии. Регулярно выступает на фестивале в Рейнгау, Баховском фестивале и в Гевандхаусе в Лейпциге, Концертхаусах в Берлине и Вене, Санкт-Петербургской филармонии, Мариинском театре.
Сотрудничал с такими исполнителями, как Тина Тинг Хелсет, Кристоф Прегардьен и Элина Гаранча; выступал со многими хоровыми и инструментальными коллективами, в числе которых Хор мальчиков Виндсбаха, Хор Церкви Св. Фомы в Лейпциге, Хор Баварского государственного радио в Мюнхене, оркестр Munich Bach Soloists, Нюрнбергский государственный филармонический оркестр, оркестр лейпцигского Гевандхауса, Филармонический оркестр Немецкого радио, Пражский симфонический оркестр, Малазийский филармонический оркестр и Симфонический оркестр Далласа.
В 2012–2014 гг. был постоянным приглашенным органистом Бамбергского симфонического оркестра.
Концерты Гюнтера Роста в прямом эфире транслируют немецкие, австрийские, российские и американские радиостанции. В дискографии артиста – альбомы, выпущенные фирмами OehmsClassics и Deutsche Grammophon. Рост стал первым исполнителем, записавшим все органные произведения Петра Эбена, в том числе два органных концерта (в сопровождении Бамбергского симфонического оркестра). Он записал также сочинения Вивальди, Шопена, Дюпре и Ален для органа соло; ряд произведений И. С. Баха с флейтистом Пирмином Грелом и музыкантами 4D Orchestra, основанного самим органистом в 2018 году. Осуществленная Ростом запись «Гольдберг-вариаций» Баха была названа «самой выдающейся из всех интерпретаций, включая клавесинные и фортепианные», по версии авторитетного немецкого издания Fono Forum.
