Коллектив был создан в 1944 году на базе Московского хорового училища одним из самых авторитетных русских хоровых дирижеров, профессором Московской консерватории, руководителем Русского народного хора Александром Свешниковым (1890–1980). С 1992 года хор мальчиков входит в состав сводного хора Академии хорового искусства имени В. С. Попова.
Хор мальчиков неоднократно завоевывал призы на престижных международных конкурсах, участвовал в крупнейших музыкальных фестивалях и важнейших культурных событиях (например, в церемонии открытия и закрытия XXII Зимних Олимпийских игр в Сочи). Коллектив регулярно выступает в лучших концертных залах в России и за рубежом – в Германии, Австрии, Англии, Бельгии, Нидерландах, Греции, Канаде, Испании, Италии, США, Японии, Китае.
История хора богата именами и событиями. Специально для хора мальчиков создавали свои произведения Сергей Прокофьев и Дмитрий Шостакович. Хор сотрудничал с выдающимися дирижерами, в числе которых Николай Голованов, Евгений Мравинский, Самуил Самосуд, Игорь Маркевич, Герман Абендрот, Кирилл Кондрашин, Евгений Светланов, Геннадий Рождественский, Рудольф Баршай, Дмитрий Китаенко, Джансуг Кахидзе, Саулюс Сондецкис, Неэме Ярви.
С хором выступали мастера оперной сцены Иван Козловский, 3ара Долуханова, Иван Петров, Ирина Архипова, Елена Образцова, Монтсеррат Кабалье, Дмитрий Хворостовский, Рене Флеминг, Роберто Аланья, Чечилия Бартоли, Паата Бурчуладзе, Анджела Георгиу, Мария Гулегина, Жозе ван Дам, Сергей Лейферкус и другие.
В наши дни хор регулярно выступает в содружестве с прославленными оркестрами и дирижерами, в числе которых Национальный филармонический оркестр России и ГКО «Виртуозы Москвы» под управлением Владимира Спивакова, БСО имени П. И. Чайковского под управлением Владимира Федосеева, ГСО «Новая Россия» под управлением Юрия Башмета, Госоркестр России имени Е. Ф. Светланова под управлением Владимира Юровского, Российский национальный оркестр под управлением Михаила Плетнёва, МГАСО под управлением Павла Когана.
Репертуар коллектива охватывает всю жанровую палитру мировой хоровой музыки: от старинных духовных русских и западноевропейских песнопений до сочинений композиторов XX–XXI вв. Хор мальчиков неоднократно принимал участие в исполнении масштабных вокально-симфонических произведений, таких как Девятая симфония Бетховена, Третья и Восьмая симфонии Малера, Te Deum Пендерецкого, оратория «Христос» Листа, оратория «Жанна д’Арк на костре» Онеггера, «Военный реквием» Бриттена, «Всенощное бдение» Рахманинова.
Выпускники училища, прошедшие школу хора мальчиков, составили целую плеяду замечательных музыкантов нашей страны. Это композиторы Родион Щедрин, Александр Флярковский, Ростислав Бойко, Эдуард Артемьев, Валерий Кикта, Владислав Агафонников; дирижеры Александр Юрлов, Владимир Минин, Виктор Попов, Евгений Тытянко, Игорь Раевский, Андрей Кожевников, Эдуард Серов, Лев Конторович, Леонид Николаев; педагоги и музыкально-общественные деятели Борис Куликов, Станислав Калинин и многие другие.