С 1977 по 1982 год Мициёси Иноуэ являлся главным приглашенным дирижером Симфонического оркестра Новой Зеландии, в 1983 году стал музыкальным директором Нового японского филармонического оркестра. В тот период Мициёси Иноуэ также сделал себе имя как выдающийся оперный маэстро. Он организовал концертное исполнение опер в зале Tokyo Bunka Kaikan, участвуя в качестве организатора и дирижера во многих популярных постановках, таких как «Свадьба Фигаро», «Дон Жуан» и «Так поступают все» Моцарта, «Мадам Баттерфляй» Пуччини и «Ирис» Масканьи. В январе 2007 г. М. Иноуэ занял пост художественного руководителя Концертного ансамбля г. Каназава и артистического советника руководства концертного зала Ishikawa Ongakudo.
Сегодня, наряду с работой почти со всеми крупными оркестрами Японии, маэстро часто выступает с коллективами Австралии, Новой Зеландии, США, Канады, России, многих стран Европы, Ближнего Востока и Африки. За плечами дирижера - работа с Симфоническим оркестром Киото (1990-1998), оркестром Нового национального театра Токио, сотрудничество с Королевским филармоническим оркестром Ливерпуля, филармоническими оркестрами Берлина, Гамбурга, Штутгарта, Кельна, Мюнхена, Дрездена, Национальным оркестром Франции, оркестром Марсельской оперы, симфоническим оркестром Чикаго, KBS Symphony (Южная Корея), симфоническим оркестром Дублина, Королевским филармоническим оркестром Фландрии, оркестром Гюльбекяна (Португалия), Симфоническим оркестром Испанского радио и телевидения и оркестром Радио Румынии, Государственным симфоническим оркестром Венгрии и многими другими.
Как оперный дирижер М. Иноуэ с небывалым успехом осуществил постановку «Турандот» Дж. Пуччини в 1999 году. Эта совместная работа токийского театра Bunkamura и Международного фестиваля в Эдинбурге была тепло принята и шотландской, и японской аудиторией. Маэстро вел спектакль в Японии в течение трех сезонов подряд.
В сезоне 1999-2000 гг. Мициёси Иноуэ выступил инициатором проведения монографического цикла (10 концертов) всех симфоний Малера с Новым филармоническим оркестром Японии в концертном зале Sumida Triphony Hall (Токио). Это событие было с восторгом принято критиками. Говорили, что это «исполнение музыки Малера на высочайшем уровне, какого прежде в Японии слушать не приходилось». В 2007 г. был реализован Российско-японский проект, в ходе которого в токийском зале Hibiya Public Hall были исполнены все 15 симфоний Д. Шостаковича. Для проекта были приглашены пять оркестров: четыре японских (из Токио, Нагойи и Хиросимы) и один российский - Академический симфонический оркестр Санкт-Петербургской филармонии. С этим коллективом дирижер также провел в том же году провел в Японии серию концертов CONCERT OPERA, включившую постановки опер «Сельская честь» Масканьи, «Паяцы» Леонкавалло (сентябрь, 2000), «Мертвый город» Корнгольда (2001) и «Ариадна на Наксосе» Р. Штрауса (2002). Одновременно маэстро активно участвует в ежегодных фестивалях музыки La Folle Journee de Kanazawa.
Среди записей Мициёси Иноуэ высочайшую оценку получили компакт-диски с 4, 5 и 6 симфониями Г. Малера с Королевским филармоническим оркестром, а также live-запись мировой премьеры «Vertiges de la Croix» Тьерри Эскеша с Национальным оркестром Лилля (июнь 2004 года; Universal Music). С Концертным ансамблем Каназавы дирижер записал два компакт-диска: «Sweet» - коллекцию романтических пьес (Deutsche Grammophon) и Фортепианный концерт Моцарта № 20 с пианисткой Йоко Кикучи (Avex Classics).
За свою творческую деятельность и вклад в развитие музыкального искусства Мициёси Иноуэ был удостоен ряда наград, в числе которых: International Crystal Music Award (1990), Девятая премия Nakajima Kenzou (1991), Орден в области искусства и литературы Франции (1998), приз компании Mitsubishi UFJ Trust and Banking Corporation (2009), премия «За заслуги в области культуры» от города Киото (2010), Приз гостеприимства Музыкального фестиваля Brighton Hotel в Киото (Приз меценатов Японии, 2010).