Ирина Апексимова родилась в Волгограде в семье музыкантов. Окончила музыкальную школу по классу фортепиано. В 13 лет переехала в Одессу, где занималась в специализированном театральном классе общеобразовательной школы. В 1983–1985 гг. выступала в кордебалете Одесского и Волгоградского театров музыкальной комедии.
В 1986 году поступила в Школу-студию МХАТ (мастерская Олега Табакова), по окончании которой была принята в МХТ имени А. П. Чехова, где проработала десять лет. В 2000-х годах училась на спецкурсе современного танца во Флоридском университете (США), на актерских факультетах Джульярдской школы в Нью-Йорке и Центра исполнительских искусств «Барбикан» в Лондоне.
В творческом багаже актрисы – около 40 ролей на театральной сцене и 70 ролей в фильмах и сериалах.
В разные годы Ирина Апексимова была директором Театра Романа Виктюка, Театра на Таганке и театра «Содружество актеров Таганки». В 2021 году под ее руководством произошло объединение двух коллективов (после 30 лет раскола) в Театр на Таганке.
Автор идеи и продюсер фестиваля театрального искусства под открытым небом «Театральный марш» (с 2013 года), экспериментального проекта «Репетиции» на базе Театра на Таганке (удостоен премии газеты «Московский комсомолец» в номинации «Проект года», 2016). В 2000 году создала собственное театральное агентство «Бал Аст».
Заслуженная артистка России (2021). Удостоена приза за лучшую женскую роль на Парижском кинофестивале (фильм «Октябрь», 1994), театральной премии «Хрустальная Турандот» (2022), ордена «Патриот России» (2015).