Оркестр создан в 1951 году Бернхардом Паумгартнером на базе Моцартовского университета Зальцбурга и первоначально назывался «Camerata Academica des Mozarteums Salzburgs». Первый концерт коллектива состоялся 9 апреля 1952 года в Большом зале Моzarteum’а. В 1950-е годы с оркестром выступали известные пианисты Клара Хаскил и Гёза Анда. В 1956 году оркестр совершил европейское турне.
В 1971 году, после смерти Бернхарда Паумгартнера, коллектив возглавил швейцарский дирижер Урс Шнайдер, руководивший им всего два года. В это время с коллективом дебютировал всемирно известный певец и дирижер Дитрих Фишер-Дискау, который гастролировал с оркестром в Инсбруке, Зальбурге и Линце.
В 1974 году художественным руководителем Зальцбургской Камераты стал виолончелист Антонио Янигро. Этот музыкант открыл новую страницу в истории коллектива. Под его руководством оркестр объездил весь мир, получив восторженные отклики влиятельных критиков. С оркестром выступали гобоист Хайнц Холлигер, флейтист Орель Николе, скрипач Вольфганг Шнайдерхан и музыкант, который затем возглавил оркестр — венгерский скрипач и дирижер Шандор Вег. Он руководил коллективом с 1978 по 1997 гг.
С 1997 по 2006 год главным дирижером оркестра был сэр Роджер Норрингтон, затем в течение трех лет коллектив возглавлял скрипач Леонидас Кавакос. С 2011 года за главным пультом Зальцбургской Камераты — французский дирижер Луи Лангре.
Ежегодно оркестр «Камерата Зальцбург» дает более 80 концертов. Среди дирижеров, сотрудничавших с оркестром, — Ф.Вельзер-Мёст, Т. Пинок, сэр Н. Мэрринер, солисты Р. Штрайх, А. Брендель, К. Эшенбах, М.Ушида, Дж.Белл, А.-С. Муттер, Х. Шифф, М. Перайя.
Оркестр гастролировал в Европе, Северной и Южной Америке, Японии и Южной Африке. Коллектив постоянно принимает участие в Зальцбургских фестивалях, посвященных Вольфгангу Амадею Моцарту, исполняя симфонии и оперы композитора.
«Камерата-Зальцбург» имеет записи на фирмах Capriccio, Decca, EMI, Deutsche Grammophon и Philips.