Кристиан Кнапп родился в Чикаго. Получил образование в Бостоне, где окончил фортепианный факультет Консерватории Новой Англии и философский факультет Университета Тафтса. Дирижированию обучался в Музыкальной академии Киджи в Сиене (Италия) у Юрия Темирканова и Мюнг-Вун Чунга, затем – в Петербургской консерватории у Ильи Мусина и Леонида Корчмара.
В 1999 году стал лауреатом III Международного конкурса имени Сергея Прокофьева. В том же году выиграл стипендию Королевского колледжа музыки в Лондоне и в течение года работал с оркестрами, ансамблями и оперным театром колледжа. В 2003 году был выбран для участия в дирижерской программе Национального симфонического оркестра и Леонарда Слаткина при Кеннеди-центре, а в 2005 году вместе с Сиэтлским симфоническим оркестром получил грант Мемориального фонда Бруно Вальтера. В качестве ассистента работал с такими дирижерами, как Майкл Тилсон Томас и Эса-Пекка Салонен.
В разные годы Кнапп сотрудничал с Английской национальной оперой, лондонским театром Брумхилл-опера, Королевским филармоническим оркестром Ливерпуля, Национальным оркестром Франции, Филармоническим оркестром Лос-Анджелеса, симфоническими оркестрами Сиэтла, Балтимора, Хьюстона, Индианаполиса, Чикаго, Окленда, Санкт-Петербурга, Тихоокеанским и Западноавстралийским симфоническими оркестрами, Камерным оркестром Сент-Пола и многими другими коллективами. Выступал с такими именитыми солистами, как Мстислав Ростропович, Ицхак Перлман, Пепе Ромеро, Александр Торадзе.
В феврале 2011 года Кристиан Кнапп дебютировал в Мариинском театре с оперой Рихарда Штрауса «Электра». С тех пор под его руководством в театре идут оперные и балетные спектакли; дирижер также выступает с симфоническими программами, включая полный цикл симфоний Бетховена. В его обширном репертуаре – оперы от Моцарта до шедевров ХХ века, таких как «Средство Макропулоса» Яначека и «Соловей» Стравинского, большинство опер Вагнера, Рихарда Штрауса, Верди и Пуччини. Под его руководством в Мариинском театре прошли премьеры опер «Пеллеас и Мелизанда» Дебюсси и «Троянцы» Берлиоза (в 2014 году постановки были представлены на Эдинбургском фестивале).
Кристиан Кнапп также известен как интерпретатор современной музыки. В сотрудничестве с чикагским Международным современным ансамблем (ICE), лондонским Ансамблем новой музыки Perspectives и ансамблем Seattle Chamber Players он исполняет произведения Пьера Булеза, Джона Адамса, Джорджа Крама, Кайи Саариахо, Дьёрдя Лигети, Паскаля Дюсапена, Карлхайнца Штокхаузена и других композиторов нашего времени. В 2005 под управлением Кнаппа впервые прозвучала опера американского автора Пола Дрешера «Тиран». В 2006 году на фестивале Mostly Mozart в Нью-Йорке состоялась американская премьера композиции Zona Магнуса Линдберга. В последующие годы дирижер неоднократно выступал в театре Миллера (Колумбийский университет), где исполнял программы из сочинений Филиппа Юреля, Софии Губайдулиной и Бернарда Рэндса.