На протяжении почти трех десятилетий Эберхард Лауэр служит в одном и том же храме – Домском соборе Святой Марии (Кафедральном соборе архиепископства Гамбургского). Начинал он в 1982 году как церковный органист, а сегодня Эберхард Лауэр руководит всей музыкальной стороной жизни Мариендома. Как органист он по-прежнему принимает участие в службах, испытывая особенное пристрастие к импровизациям во время литургии. В его обязанности входит руководство хором и исполнением ораторий, кроме того, Эберхард Лауэр выступает еще и как клавесинист. С 1984 года он преподает в Высшей школе музыки Любека, в 2000 ему присвоено звание профессора.
В сольном репертуаре исполнителя значатся полные собрания органных сочинений Баха, Брамса, Франка, Мендельсона, Шумана и современные авторы – Мессиан, Хиндемит, Мартэн, Шёнберг, Кршенек, Лигети, Губайдулина, Олбрайт, Хамбрэус, Дамштадт, Медек, Клебе и др.
Органист ведет активную концертную деятельность в Германии и за рубежом. Среди самых крупных событий недавнего времени – цикл симфоний Луи Вьерна и органных произведений Сезара Франка и Оливье Мессиана, исполненный в Гамбурге и Миндене. Выступления профессора Лауэра записывались на радио и телевидении. Дискография органиста включает альбом органной музыки Листа, сонаты Мендельсона, симфонии Видора и Вьерна, сочинения Баха, Бёма, Брунса, Букстехуде, Эбена, Айвза, Карг-Элерта, Вальтера и других композиторов.
Эберхард Лауэр изучал органную и церковную музыку в Аахене, Франкфурте, Дюссельдорфе и Амстердаме, занимался музыковедением и философией в Гамбургском Университете. Победа на Международных органных конкурсах в Нюрнберге (1984) и Шпайере (1985) положила начало его сольной органной карьере. В дальнейшем он совершенствовал свое исполнительское мастерство на мастер-классах в Харлеме и Тулузе под руководством Ксавье Дарасса, Мари-Клер Ален, Луиджи Ф. Тальявини, а также Ханса Хазельбёка и Андре Изуара – в импровизации, Колина Тилнея и Кеннета Гилберта – в игре на клавесине.