Маргарита Баблоян родилась в 1997 году. Училась в Санкт-Петербургской детской музыкальной школе имени Андрея Петрова (класс Галины Виноградовой), Средней специальной музыкальной школе Санкт-Петербургской государственной консерватории имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Карине Малеевой) и Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского (класс профессора Елены Ильинской). Продолжила обучение в ассистентуре-стажировке МГК. Принимала участие в мастер-классах Мильды Агазарян, Наталии Шамеевой, Ирины Донской, Юлии Ровинской, Изабель Лягорс.
Лауреат Московского открытого конкурса юных арфистов имени М. А. Рубина (2011, Iпремия; 2014, II премия), международных конкурсов «Арфа – XXI век» в Москве (2013, II премия), имени С. И. Савшинского в Санкт-Петербурге (2014, II премия; 2017, I премия), молодых музыкантов в Москве (2015, I премия), в Стокгольме (2017, I премия), всероссийских конкурсов исполнителей на струнных инструментах «Мерзляковка приглашает друзей» (2014, I премия), арфистов имени А. Д. Тугай в Петрозаводске (2020, I премия), III Всероссийского конкурса артистов симфонического оркестра (2020, I премия) и III Всероссийского музыкального конкурса (2020, III премия). Удостоена диплома в рамках проекта «Центры искусств Валерия Гергиева для юных дарований России» (2013).
С 2018 года – солистка Российского национального молодежного симфоническогооркестра. Выступала в составе оркестра под управлением многих известных дирижеров, среди которых Валерий Гергиев, Александр Лазарев, Шарль Дютуа, Александр Сладковский, Владимир Юровский, Юрий Симонов, Василий Петренко, Марк Пиолле, Юлиан Рахлин, Валентин Урюпин, Станислав Кочановский, Максим Емельянычев, Даниэль Райскин, Жан-Кристоф Спинози, Димитрис Ботинис, Филипп Чижевский.
Как приглашенная артистка сотрудничала с Государственным академическим симфоническим оркестром России имени Е. Ф. Светланова, Заслуженным коллективом России Академическим симфоническим оркестром Санкт-Петербургской филармонии, Московским государственным симфоническим оркестром, оркестром Пермского театра оперы и балета имени П. И. Чайковского, Рязанским губернаторским симфоническим оркестром.
Выступает с сольными концертами в Москве и Санкт-Петербурге. Принимает участие в фестивалях, среди которых «Северная лира» в Концертном зале Мариинского театра и «Арфовое искусство России» в Российской академии музыки имени Гнесиных.
