Маргарита Баблоян родилась в 1997 году. Училась в Санкт-Петербургской детской музыкальной школе имени Андрея Петрова (класс Галины Виноградовой), Средней специальной музыкальной школе Санкт-Петербургской государственной консерватории имени Н. А. Римского-Корсакова (класс Карине Малеевой), Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского и ассистентуре-стажировке МГК (класс профессора Елены Ильинской). Принимала участие в мастер-классах Мильды Агазарян, Наталии Шамеевой, Анны Макаровой, Ирины Донской, Юлии Ровинской, Изабель Лягорс.
Лауреат Открытого конкурса юных исполнителей на скрипке, виолончели и арфе в Санкт-Петербурге (2009, III премия), Международного конкурса молодых музыкантов в номинации «струнные инструменты» в Москве (2009, II премия и диплом «за артистичность»), Московского открытого конкурса юных арфистов имени М. А. Рубина (2011, I премия; 2014, II премия), международных конкурсов «Арфа – XXI век» в Москве (2013, II премия), имени С. И. Савшинского в Санкт-Петербурге (2014, II премия; 2017, 2018, первые премии), молодых музыкантов в Москве (2015, I премия), в Стокгольме (2017, I премия), всероссийских конкурсов исполнителей на струнных инструментах «Мерзляковка приглашает друзей» (2014, II премия), арфистов имени А. Д. Тугай в Петрозаводске (2020, I премия), III Всероссийского конкурса артистов симфонического оркестра (2020, I премия) и III Всероссийского музыкального конкурса (2020, III премия). Удостоена диплома в рамках проекта «Центры искусств Валерия Гергиева для юных дарований России» (2013).
С 2018 года – солистка Российского национального молодежного симфонического оркестра.
Как приглашенная артистка сотрудничала с Госоркестром России имени Е. Ф. Светланова, Заслуженным коллективом России Академическим симфоническим оркестром Санкт-Петербургской филармонии, Московским государственным академическим симфоническим оркестром, Московским государственным симфоническим оркестром, оркестром Пермского театра оперы и балета имени П. И. Чайковского, Рязанским губернаторским симфоническим оркестром, Академическим симфоническим оркестром Нижегородской филармонии.
Выступала с сольными концертами в Москве и Санкт-Петербурге, в том числе в залах Московской филармонии, Московской консерватории и Шереметевского дворца, а также Атриуме бизнес-центра «Демидов» и клубе Noodome. Принимает участие в фестивалях, среди которых «Северная лира» в Концертном зале Мариинского театра и «Арфовое искусство России» в Российской академии музыки имени Гнесиных.