Маргарита Калинина родилась в Алтайском крае. В 2015 году с отличием окончила вокальный факультет Российской академии музыки имени Гнесиных (класс профессора Нины Шильниковой). Участвовала в мастер-классах Гегама Григоряна, Евгении Арефьевой, Анны Бонитатибус. Исполнила партию Ольги («Евгений Онегин» Чайковского) в постановке Оперного театра-студии имени Ю. А. Сперанского при РАМ. В сезоне 2013/14 проходила обучение в Молодежной оперной программе Мариинского театра в Санкт-Петербурге. В 2017 году стажировалась в Генделевской академии в Карлсруэ.
В 2016 году приняла участие в концертном исполнении оперы «Эрмиона» Россини (дирижер – Альберто Дзедда) и оратории «Сотворение мира» Гайдна (дирижер – Михаил Плетнёв) в рамках VIII Большого фестиваля Российского национального оркестра.
Неоднократно сотрудничала с Юрием Башметом: участвовала в Новогоднем концерте в Зале имени Чайковского (2016); в постановке оперы «Севильский цирюльник» Россини (Берта) на X Зимнем фестивале искусств в Сочи (2017); в исполнении Stabat Mater Перголези на Дальневосточном фестивале в Хабаровске (2017); в премьере спектакля «Fortunatissimo, или Безнадежно счастливый человек» по мотивам оперы «Севильский цирюльник» Россини в «Филармонии-2» (2017).
В 2019 году исполнила партию Клотильды в концертном исполнении оперы «Норма» Беллини в Зале имени Чайковского с ГСО «Новая Россия» под управлением Лучано Акочеллы.
Регулярно выступает в качестве солистки с Московским Синодальным хором.