Марина Пруденская получила вокальное образование в Санкт-Петербургской государственной консерватории. После окончания обучения выступала на сцене Московского академического Музыкального театра имени К.С. Станиславского и Вл.И. Немировича-Данченко. В 2000 году стала солисткой Государственного театра Нюрнберга. Была удостоена Первой премии крупного международного конкурса ARD в Мюнхене (2003) и многих других наград.
В 2005–2007 – солистка Немецкой оперы Берлина, выступала на фестивалях в Экс-ан-Провансе и Байрейте, как приглашенная солистка сотрудничала со многими оперными театрами Европы. В 2007–2013 гг. была солисткой Оперного театра Штутгарта, с которым продолжает сотрудничать и сегодня. Пела в опере «Золото Рейна» в совместной постановке театров Ла Скала и Берлинской государственной оперы (дирижер Даниэль Баренбойм). Выступала в театрах Палермо и Гамбурга (партия Амнерис в «Аиде») и Баварской государственной опере (партия Октавиана в «Кавалере розы»). На Пасхальном фестивале в Зальцбурге исполнила партию меццо-сопрано в Реквиеме Верди в сопровождении Берлинского филармонического оркестра под управлением Мариса Янсонса.
С 2013 года Марина Пруденская – солистка Берлинской государственной оперы, где выступает в партиях Иродиады в «Саломее» и Композитора в «Ариадне на Наксосе», Венеры в «Тангейзере», Эболи в «Доне Карлосе» и Гертруды в опере «Гензель и Гретель». Пела в Королевской опере Ковент-Гарден в Лондоне (партия Азучены в «Трубадуре»), театрах Валенсии («Аида») и Штутгарта («Хованщина»), Национальной опере Вашингтона и Муниципальном театре Сантьяго в Чили («Аида»), на фестивале в Байрейте (партии Вальтрауты в «Гибели богов» и Фрики в «Валькирии»). Сотрудничала с дирижерами Себастьяном Вайглем, Кристофом фон Дохнаньи и другими.
В текущем сезоне Марина Пруденская сотрудничает с Цюрихской оперой, исполняя партии Гертруды и Ведьмы в «Гензеле и Гретель» (новая постановка Роберта Карсена). Поет Леди Макбет в «Макбете» в Антверпене (дирижер Паоло Кариньяни) и Эболи в «Дон Карлосе» в Мангейме. В Берлинской опере исполняет партию Нерис в новой постановке «Медеи» Керубини, выступает в мировой премьере новой редакции оперы «Вавилон» Йорга Видмана (дирижер Даниэль Баренбойм).
На концертной сцене Марина Пруденская выступала в Торжественной мессе Бетховена под управлением Себастьяна Вайгля, Симфонии № 9 на фестивале в Монпелье под управлением Кристиана Арминга, а также в Реквиеме Верди с Симфоническим оркестром Берлинского радио под управлением Марека Яновского, участвовала в концертах в Париже, Дрездене, Нюрнберге, Веймаре, Мадриде.