Марина Рубинштейн окончила Московскую консерваторию и аспирантуру по классу флейты у профессора А. Корнеева. В 1999-2001 годах принимала участие в мастер-классах Марины Печчинини (Швейцария). Была стипендиатом благотворительных Фондов М. Ростроповича и В. Спивакова.
Лауреат международных конкурсов «Классическое наследие» в Москве, музыкантов- исполнителей на духовых инструментах в Тольятти, им. В.Букки в Риме, Венского международного конкурса музыкантов, конкурса камерных ансамблей в Кальтаниссетте (Италия).
Принимала участие в международных фестивалях в России, Эстонии, Турции, США. Финалист международного фестиваля Young virtuosos, проходившего в Нью-Йоркском Карнеги-холле (1999). Выступала с Ольбергским симфоническим оркестром под управлением Ф. Глущенко, Государственным оркестром радио и телевидения России под управлением С.Скрипки, Клайпедским камерным оркестром под управлением Р. Шервеникаса, оркестром «Киевская камерата» под управлением В. Сиренко, а также с сольными концертами и в составе камерных ансамблей в Дании, Австрии, Германии, Швейцарии, Турции, Литве, Эстонии, США, Израиле и Франции.
С 1994 года выступает в концертах Московской государственной академической филармонии. С 2003 года постоянно играет в трио с И. Рубинштейном (виолончель) и А. Пономаренко (арфа). Солистка ансамбля «Студия новой музыки».