Маркус Флайг родился в 1971 году в городе Хорб-на-Неккаре (земля Баден-Вюртемберг). Прежде чем стать певцом, он занимался игрой на органе и получил образование как педагог и церковный музыкант. Обучался вокалу у проф. Беаты Хойер-Кристен во Фрайбурге и проф. Бертольда Поссемайера во Франкфуртской Высшей школе музыки. Несколько лет брал уроки у Кэрол Мейер-Брюттинг. В 2004 году Маркус Флайг стал лауреатом международного конкурса имени И. С. Баха в Лейпциге.
Маркус сотрудничал со многими хоровыми коллективами и оркестрами, с которыми выступал по всему миру. Гастрольные маршруты певца пролегли через всю Европу, страны Латинской Америки, Израиль, Корею и Японию.
Многочисленные записи на радио, телевидении и CD, осуществленные под руководством таких дирижеров, как Томас Хенгельброк, Херман Макс и Конрад Юнгхенель, свидетельствуют о необычайно широком репертуаре певца. Это – музыка Ренессанса, барочные оратории, произведения классиков и романтиков, опусы современных авторов. С ансамблем Alta Ripa музыкант выпустил свой первый сольный альбом, в который вошли кантаты И. С. Баха, Г. Ф. Телемана и К. Граупнера.
Еще в период обучения на факультете церковной музыки Маркус дебютировал как солист на сцене городского театра Фрайбурга, исполнив партию Азариаса из церковной притчи Б. Бриттена «Пещное действо» (The burning fiery furnace). С тех пор он спел различные партии в операх Монтеверди, Пёрселла, Рамо, Р. Штрауса и К. Швера на оперных сценах Баден-Бадена, Шветцингена, Байройта и Ганновера, а также участвовал в исполнении реконструированных опер прошлого – «Ленивый муж» (Il marito indolente) моцартовского современника Йозефа Шустера и «Сарданапал» барочного композитора Кристиана Людвига Боксберга.
В области камерной музыки Маркус Флайг постоянно сотрудничает с пианистом Йоргом Швайнбенцом. В 2014 году на лейбле Spektral вышел их альбом с песнями Гуго Вольфа.