Мигран Агаджанян родился в 1992 году в Ростове-на-Дону. Окончил Санкт-Петербургскую государственную консерваторию имени Н. А. Римского-Корсакова как пианист (класс Владимира Мищука) и как оперно-симфонический дирижер (класс Владимира Альтшулера).
С детских лет пел в хоре мальчиков Ростовского государственного музыкального театра. Заниматься вокалом начал под руководством преподавателя Ростовской консерватории Владимира Экнадиосова. В 2010 году завоевал Гран-при на конкурсе «Романса трепетные звуки» в Санкт-Петербурге и стал финалистом Международного конкурса молодых оперных певцов имени Флавиано Лабо в Пьяченце (Италия). Тогда же прошел курс обучения в оперной студии Национальной академии Санта-Чечилия в Риме, где его педагогами были Рената Скотто и Джузеппе Саббатини. В 2015 году стал участником молодежной программы Оперы Лос-Анджелеса, стажировался в Метрополитен-опере и Лирической опере Чикаго. В сезоне 2016/17 был солистом Большого театра Женевы.
Лауреат международных конкурсов имени П. И. Чайковского (2019, III премия), OperaliaПласидо Доминго в Лиссабоне (2018, II премия), Елены Образцовой в Санкт-Петербурге (2011, I премия), III Всероссийского открытого конкурса молодых дирижеров симфонических оркестров имени И. А. Мусина в Костроме (2013, II премия).
В 2012 году дебютировал на сцене Мариинского театра в опере «Кармен» Бизе (Моралес), с 2017 года – приглашенный солист. В репертуаре певца – ведущие теноровые партии в операх «Иоланта» Чайковского, «Лючия ди Ламмермур» Доницетти, «Макбет», «Бал-маскарад», «Риголетто», «Травиата», «Дон Карлос» и «Фальстаф» Верди, «Тоска», «Мадам Баттерфляй» и «Богема» Пуччини, «Адриенна Лекуврёр» Чилеа, «Фауст» Гуно, «Кармен» Бизе и др. С труппой Мариинского театра выступал на фестивалях в Вербье и Баден-Бадене.
В 2012 году организовал Молодежный симфонический оркестр Санкт-Петербурга, став его художественным руководителем и главным дирижером. В 2021 году дебютировал как дирижер в Мариинском театре («Кармен»), где в дальнейшем вел спектакли «Риголетто», «Паяцы», «Мадам Баттерфляй», «Богема». В январе 2022 года впервые выступил за дирижерским пультом в Пермском театре оперы и балета, в феврале стал главным дирижером театра.