Уроженец Дрездена, Михаэль Гюттлер получил известность, заменив в последнюю минуту Валерия Гергиева за дирижерским пультом в спектаклях тетралогии «Кольцо нибелунга» и «Парсифаль» Вагнера в Мариинском театре в 2003 году. По окончании Музыкального университета им. К. М. фон Вебера в Германии, где он учился по классам скрипки, трубы, фортепиано и хорового дирижирования и принимал участие в мастер-классах многих прославленных дирижеров (Леонард Бернстайн, Серджиу Челибидаки, Илья Мусин, Валерий Гергиев), Михаэль Гюттлер стал участником Программы по поддержке молодых дирижеров, организованной по инициативе Немецкого музыкального совета. Он стал лауреатом нескольких крупных международных конкурсов для дирижеров в Италии, Германии и Великобритании, с 1998 по 2002 год работал в оперном театре Клагенфурта в Австрии, будучи самым молодым штатным дирижером за всю историю этого театра.
С 2002 года Михаэль Гюттлер постоянно выступает в Мариинском театре, где провел спектакли «Тристан и Изольда», «Фальстаф», «Дон Карлос», «Свадьба Фигаро», «Аида», «Травиата», «Ариадна на Наксосе», «Лючия ди Ламмермур», «Тристан и Изольда», «Летучий голландец» и многие другие; весной 2018 года он продирижировал всей тетралогией Вагнера «Кольцо нибелунга». В последние годы он активно выступает в Европе в лучших европейских театрах – в их числе Парижская опера, дрезденская Semperoper, венецианский театр La Fenice, неаполитанский San Carlo, Франкфуртская опера, Опера Лозанны, а также сотрудничает с Дрезденской государственной капеллой и Дрезденским филармоническим оркестром. После успешного дебюта в 2010 году в Венской государственной опере («Севильский цирюльник» Россини), Михаэль Гюттлер регулярно появляется в этом прославленном театра – он дирижировал спектаклями «Набукко» и «Риголетто» Верди, «Золушка» Россини, «Евгений Онегин» Чайковского, «Вертер» Массне, «Борис Годунов» и «Хованщина» Мусоргского. В 2016 году дирижер с большим успехом дебютировал с новой постановкой оперы Вагнера «Нюрнбергские мейстерзингеры» на Глайндборнском оперном фестивале. С 2013 по 2016 год он был главным дирижером Финской национальной оперы, где в его репертуар входили оперы «Аида» и «Дон Карлос» Верди, «Богема» и «Турандот» Пуччини, «Кавалер розы» Р. Штрауса, «Нос» Шостаковича, «Нюрнбергские мейстерзингеры» Вагнера и «Борис Годунов» Мусоргского.
В течение последних сезонов Михаэль Гюттлер много работает и как симфонический дирижер с такими коллективами, как Израильский филармонический оркестр, Orchestre de Paris, RAI Torino, Национальный филармонический оркестр России, Симфонический оркестр Шведского радио, Симфонический оркестр радио Мадрида, Академический симфонический оркестр Московской филармонии; он также работал с оркестрами, специализирующимися в области аутентичного исполнительства (Concerto Koeln и Capella Coloniensis).
