Микеле Пертузи получил образование в Пармской консерватории имени А. Бойто.
Певец выступал в знаменитых оперных театрах мира, среди которых парижская Опера Гарнье, Венская государственная опера, лондонский Ковент-Гарден, миланский Ла Скала, Метрополитен-опера в Нью-Йорке, Королевский театр в Мадриде, Баварская государственная опера в Мюнхене, Немецкая опера в Берлине, Оперный театр Цюриха, театр Ла Монне в Брюсселе, а также в Национальной академии Санта-Чечилия в Риме, Барбикан-центре в Лондоне и других известных концертных залах. Участвовал в Оперном фестивале Россини в Пезаро.
В репертуаре Пертузи ведущие партии в операх «Свадьба Фигаро», «Так поступают все» и «Дон Жуан» Моцарта, «Золушка», «Семирамида», «Турок в Италии», «Итальянка в Алжире», «Осада Коринфа» и «Вильгельм Телль» Россини, «Анна Болейн», «Лукреция Борджиа» и «Лючия ди Ламмермур» Доницетти, «Оберто, граф ди Сан-Бонифачо», «Аттила», «Ломбардцы в первом крестовом походе» и «Фальстаф» Верди, в Stabat Mater и Маленькой торжественной мессе Россини, реквиемах Моцарта и Верди.
Микеле Пертузи сотрудничал с известными дирижёрами – Даниэлем Баренбоймом, Джеймсом Ливайном, Семёном Бычковым, Риккардо Мути, Колином Дэвисом, Зубином Метой, Риккардо Шайи, Мюнг-Вун Чунгом, Даниэле Гатти и Владимиром Юровским.
Дискография артиста чрезвычайно обширна. Пертузи награждён премиями Grammy, Gramophone и премией имени Ф. Аббьяти от итальянской Национальной ассоциации музыкальной критики. Обладатель Золотой медали «за заслуги в области культуры» от Президента Италии.