История Мюнхенского Баховского хора восходит к началу 1950-х годов, когда в столице Баварии возник небольшой любительский ансамбль «Кружок Генриха Шютца», пропагандировавший старинную музыку. В 1954 году ансамбль был преобразован в профессиональный хор и получил нынешнее название. Почти одновременно с хором был образован Мюнхенский Баховский оркестр. Оба коллектива возглавил молодой дирижер и органист, выпускник Лейпцигской консерватории Карл Рихтер. Главной задачей он считал популяризацию музыки И. С. Баха. В течение 1955 года были исполнены «Страсти по Иоанну» и «Страсти по Матфею», Месса си минор, «Рождественская оратория», 18 церковных кантат, мотеты, органная и камерная музыка композитора.
Начиная с 1956 года хор и маэстро Рихтер регулярно принимали участие в баховском фестивале в Ансбахе, являвшемся в то время местом встречи музыкальной элиты всего мира. С середины 1960-х начинается активная гастрольная деятельность коллектива. В 1968 и 1970 годах хор побывал в Советском Союзе. Постепенно репертуар хора обогащался музыкой старых мастеров, произведениями романтиков и сочинениями композиторов ХХ века (Хуго Дистлера, Эрнста Пеппинга, Золтана Кодая, Генриха Каминского). В 1955 году хором была записана первая грампластинка с произведениями Баха, Генделя и Моцарта, в 1958-м началось сотрудничество со звукозаписывающей фирмой Deutsche Grammophon.
В 1984–2001 годы хором руководил Ханс-Мартин Шнайдт, под руководством которого были исполнены Stabat Mater Россини, Четыре духовных песнопения Верди, Te Deum и Реквием Берлиоза, Месса Брукнера, впервые прозвучала кантата «Кармина Бурана» Орфа. В разные годы с коллективом работали приглашенные дирижеры, среди которых Леонард Бернстайн, Рудольф Баршай, Готхард Штир, Олег Каэтани, Ральф Отто, Петер Шрайер, Бруно Вайль и многие другие. С хором выступали певцы Дитрих Фишер-Дискау, Эдит Матис, Хелен Донат, Герман Прей, Зигмунд Нимсгерн, Юлия Хамари, Джулиана Бансе, Маттиас Гёрне, Симона Нолде, Томас Квастхофф, Доротея Рёшманн.
В 2005 году новым художественным руководителем стал дирижер и органист Хансйорг Альбрехт. Первые гастроли хора с маэстро прошли в Турине на фестивале «Музыкальный сентябрь», где они исполнили «Страсти по Матфею». Затем коллектив выступил в Гданьске и Варшаве. В 2007 году на музыку «Страстей» был осуществлен совместный проект с Гамбургским балетом Джона Ноймайера.
Коллектив сотрудничает с известными европейскими коллективами – Пражским симфоническим оркестром, Оркестровым ансамблем Парижа, Дрезденской государственной капеллой, Филармоническим оркестром земли Рейнланд-Пфальц, Мюнхенским Баховским оркестром и Bach Collegium. С хором выступают известные солисты – Симона Кермес, Элизабет Кульман, Клаус Флориан Фогт, Михаэль Фолле и другие.
Мюнхенский Баховский хор участвовал в фестивалях «Международная неделя органа в Нюрнберге», «Гейдельбергская весна», «Европейские недели в Пассау», «Неделя музыки Густава Малера» в Тоблахе. В дискографии хора – Рождественская оратория», «Магнификат» и пастиччо из светских кантат Баха, «Немецкий реквием» Брамса, «Песнь о земле» Малера, произведения Генделя, оратория «Августин» Энйотта Шнайдера. В 2014 году был выпущен CD «60 лет Мюнхенскому Баховскому хору и Баховскому оркестру».
В марте 2016 года Мюнхенский Баховский хор после 35-летнего перерыва побывал в Москве, исполнив «Страсти по Матфею» Баха. В том же году хор принимал участие в исполнении оратории «Мессия» Генделя в восьми главных соборах Южной Франции. В 2017 году хор принял участие в фестивале «Европейские недели» в Пассау (Нижняя Бавария), выступил в базилике аббатства Оттобойрен и в будапештском Дворце искусств.
В октябре 2018 года Мюнхенский Баховский хор гастролировал в Израиле, где вместе с Израильским филармоническим оркестром под управлением Зубина Меты исполнял «Коронационную мессу» Моцарта в Тель-Авиве, Иерусалиме и Хайфе. Тогда же хор вновь выступил в Москве, исполнив (как и 50 лет назад во время первых гастролей в Советском Союзе) Мессу си минор Баха.
