Николай Хондзинский родился в 1985 году в Москве. В 2011 году окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского по специальности «оперно-симфоническое дирижирование» (класс Леонида Николаева), занимался композицией и инструментовкой в классе Юрия Абдокова. В 2008–2011 гг. стажировался у профессора Санкт-Петербургской консерватории Эдуарда Серова.
Лауреат Международной премии имени Бориса Чайковского (2008), международных Баховских фестивалей «От Рождества до Рождества» (Москва, 2009, 2010). Обладатель Премии Правительства Москвы (2014) и стипендии Правительства РФ (2019).
В 2008 году основал и возглавил камерную капеллу «Русская консерватория». Коллектив под управлением Николая Хондзинского впервые в России исполнил многие сочинения Зеленки, Баха, Телемана, Свиридова, принимал участие в проектах Международной творческой мастерской Terra Musika Юрия Абдокова.
С 2016 года – художественный руководитель Историко-культурного и просветительского центра «Соборная палата» Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. В 2018–2022 гг. – художественный руководитель и главный дирижер Симфонического оркестра Псковской филармонии (ныне – Губернаторский симфонический оркестр Псковской области).
Как приглашенный дирижер регулярно сотрудничает с Симфоническим оркестром и Академией молодых оперных певцов Мариинского театра, Госоркестром России имени Е. Ф. Светланова, оркестрами Санкт-Петербургской, Поморской (Архангельск), Волгоградской, Ярославской, Саратовской филармоний, российскими театрами, балетными труппами и хоровыми коллективами. В 2019 году в Мариинском театре представил мировую премьеру оперы «Доктор Живаго» Давида Кривицкого.
Дискография дирижера включает первые записи всех хоровых циклов Шебалина, сборника «Песни фронтовых дорог» Шостаковича (обработки произведений разных авторов для фронтовых концертных бригад), сочинений Свиридова, Абдокова, Зеленки.
