Оркестр «Йокогама симфониетта» создан из студентов и выпускников Токийского университета изящных искусств при участии дирижера Казуки Ямады. Дебют коллектива состоялся в 1999 году в концертном зале Kawaguchi Lilia Hall. Затем последовали выступления на других площадках, а также участие в концертной серии «Сундук с сокровищами» (Treasure Box Series) в концертном зале префектуры Канагавы в 2001 году.
Первоначально коллектив назывался Tomato Philharmonic Orchestra. В 2005 году он был преобразован в профессиональный коллектив «Йокогама симфониетта». На свой первый официальный концерт в 2008 году оркестр пригласил в качестве солистки скрипачку Эмири Миямото. Тогда же музыкальным консультантом коллектива стал дирижер Кен-ичиро Кобаяcи.
В 2013 году оркестр стал первым коллективом из Японии, принявшим участие в фестивале «Безумные дни» в Нанте (Франция), где с огромным успехом провел семь концертов. В 2015 году выступил на международном музыкальном фестивале в корейском городе Тхонъён. Оркестр «Йокогама симфониетта» дал несколько благотворительных концертов в концертном зале Сантори-холл в Токио, которые удостоила своим посещением Её Величество Императрица Японии. Коллектив награждён премией города Йокогамы в области культуры и искусства.
В 2013 году оркестр создал собственную студию звукозаписи Tomatone. Вместе с маэстро Казуки Ямада записано несколько дисков для лейблов Exton и Tomatone. Среди них: альбом со скрипичными концертами Брамса и Мендельсона, диск с симфониями Бизе и Моцарта, диск с Cимфонией № 8 Шуберта.