Пётр Айду родился в 1976 году в Москве в семье музыкантов. В 1994 году окончил Центральную музыкальную школу при Московской консерватории (класс Фариды Нуризаде). Занимался композицией и импровизацией под руководством Григория Шатковского. В 2000 году с отличием окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс фортепиано профессора Льва Власенко, затем Дмитрия Сахарова; класс органа профессора Наталии Гуреевой) и продолжил обучение в аспирантуре МГК на факультете исторического и современного исполнительского искусства (руководитель – профессор Алексей Любимов).
С 1995 года занимался также композицией под руководством Юрия Воронцова, джазовым исполнительством под руководством Даниила Крамера, с 1997 года – ренессансной лютней под руководством Александра Суетина. Окончил курсы звукорежиссуры Государственного училища эстрадно-джазового искусства.
Участвовал в мастер-классах по барочной музыке в Гмундене (Австрия). Получив стипендиюнемецкой службы академических обменов (DAAD), стажировался в Высшей школе музыки в Ганновере у профессора Цви Меникера (клавесин и хаммерклавир) и профессора Ханса Михаэля Коха (лютня). Участвовал в мастер-классах Андреаса Штайера и Малколма Билсона.
Победитель Юношеского международного конкурса пианистов в Цинциннати (I премия и Гран-при, 1991), лауреат VIII Международного конкурса пианистов в Риме (II премия, 1997), дипломант конкурса Musica Antiqua Brugge (Бельгия, 2004).
Музыкант в совершенстве владеет многими разновидностями клавишных инструментов (фортепиано, орган, орган-позитив, клавесин, хаммерклавир и другие), играет на старинных щипковых инструментах (ренессансная лютня, барочная гитара) и ударных (многократно выступал в составе Ансамбля ударных инструментов Марка Пекарского).
Активно гастролирует по России и за рубежом, принимал участие во многих отечественных и зарубежных фестивалях. Создатель «Приюта роялей», организации по сохранению исчезающих видов фортепиано и других клавишных инструментов XIX–XX веков. Осуществил ряд художественных акций, посвященных старинным инструментам. Основатель проекта Персимфанс, посвященного возрождению Первого симфонического ансамбля – оркестра без дирижера, основанного в 1922 году в Москве и просуществовавшего до 1933-го.
Автор музыкального оформления к ряду спектаклей театров «Школа драматического искусства» (спектакль «Реконструкция утопии» удостоен Гран-при премии Сергея Курехина в области современного искусства) и «Сатирикон», музыки для Alternative Hair Show в лондонском Королевском театре Ковент-Гарден (совместно с Иваном Лубенниковым), ряда акустических перформансов и оригинальных проектов. В частности в 2001 году совместно с художником Теодором Тэжиком организовал перформанс на III Всемирной театральной олимпиаде в Москве с использованием специально построенных музыкальных инструментов. За перформанс «Звуковые ландшафты» в театре «Школа драматического искусства» (2015) был удостоен российской национальной театральной премии «Золотая маска» в номинации «Эксперимент».
С 2002 года преподает на факультете исторического и современного исполнительского искусства Московской консерватории (камерный ансамбль, старинные клавишные инструменты), проводит мастер-классы.
Автор статьи «Старые рояли в России. Новая история», опубликованной в ежегоднике Государственного института реставрации.