Рустам Комачков родился в 1969 году в семье музыкантов. Учился в Московской средней специальной музыкальной школе имени Гнесиных, Музыкальном училище имени Гнесиных (класс профессора Александра Бендицкого), Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского и ассистентуре-стажировке МГК (классы профессора Валентина Фейгина и Александра Князева). Совершенствовал мастерство под руководством профессора Наталии Гутман. Лауреат всероссийских и международных конкурсов.
Ведет активную концертную деятельность как солист и в составе камерных ансамблей. Сотрудничал с дирижерами Владимиром Федосеевым, Александром Сладковским, Теодором Курентзисом, Владимиром Понькиным, Анатолием Левиным, Александром Рудиным, Рауфом Абдуллаевым, Юрием Кочневым, Владимиром Вербицким, Анатолием Рыбалко, Денисом Лотоевым, Рашитом Нигаматуллиным, Владиславом Булаховым, Мишей Рахлевским и другими. Выступал в ансамбле со многими известными музыкантами, среди которых Михаил Воскресенский, Алексей Любимов, Игорь Худолей, Вазген Вартанян, Юлия Игонина, Граф Муржа, Александр Тростянский, Кирилл Родин, Александр Рудин, Александр Князев и Ольга Ивушейкова.
Гастролировал в городах России, в Германии, Франции, Нидерландах, Италии, Южной Корее, Аргентине и других странах, выступал во многих известных концертных залах мира. Участник международных фестивалей «Декабрьские вечера Святослава Рихтера», «Посвящение Олегу Кагану», «Московская осень», «Весна в России», Святослава Рихтера в Тарусе, Дягилевского фестиваля в Перми, Левитановского фестиваля в Плёсе, Собиновского фестиваля в Саратове, имени Микаэла Таривердиева в Калининграде, «В сторону Выборга», камерной музыки в Курессааре (Эстония) и других, а также музыкальных программ кинофестивалей «Кинотавр», «Окно в Европу» и «Дух огня».
Репертуар музыканта включает около двух десятков концертов для виолончели с оркестром – от сочинений Вивальди до опусов Прокофьева и Шостаковича, множество камерных ансамблей и композиций для виолончели соло. Рустам Комачков активно сотрудничает с композитором Леонидом Десятниковым, выступает на его авторских вечерах в России и Европе. Первый исполнитель ряда сочинений Александра Чайковского, Александра Вустина, Сергея Ахунова, Евгения Щербакова, Александра Попова и других современных композиторов. Записал девять сольных альбомов.