Рустем Шагимарданов родился в 1967 году в Москве. Окончил Центральную среднюю специальную музыкальную школу при Московской консерватории (класс контрабаса И. В. Лавровой), Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс контрабаса профессора Льва Ракова) и Государственную классическую академию имени Маймонида (класс оперно-симфонического дирижирования профессора Виктора Барсова).
Работал в Большом театре, более 30 лет является одним из ведущих артистов Госоркестра России имени Е. Ф. Светланова. Дипломант международного конкурса имени Сергея Кусевицкого.
Выступает как солист, в том числе с оркестрами, играет в камерных ансамблях. В 1996 году с артистами Госоркестра организовал квартет контрабасов, с которым неоднократно выступал в различных концертах и телепередачах.
Имеет записи на радио и ТВ. Преподает в Московском государственном колледже музыкального исполнительства имени Ф. Шопена и ДМШ имени Ф. Шопена.
Заслуженный артист России.