Сергей Акимов родился в 1989 году в Москве. Окончил Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского по специальности «оперно-симфоническое дирижирование» (класс профессора Игоря Дронова) и аспирантуру Государственного музыкально-педагогического института имени М. М. Ипполитова-Иванова (класс профессора Владимира Понькина). Участвовал в мастер-классах Геннадия Рождественского, Владимира Юровского, Ховарда Гриффитса, Марка Херона, Стефана Лисснера.
С 2016 года – дирижер Московского театра оперетты. В 2018 году вошел в дирижерско-стажёрскую группу Национального филармонического оркестра России. Основатель, художественный руководитель и главный дирижер камерного оркестра Affrettando. Осуществил ряд премьер, в том числе опер «Жених» Анжелики Комиссаренко и «Хармсфония» Дениса Писаревского, а также российскую премьеру оперы Гершвина «Грустный понедельник».
Сотрудничал с Якутским театром оперы и балета, оркестрами Бранденбурга, Монпелье, Бухареста, Ростовской и Костромской филармоний, Ярославским губернаторским симфоническим оркестром, Молодежным оркестром Луиджи Керубини, ансамблем «Студия новой музыки».
В 2017 году участвовал в Итальянской оперной академии Риккардо Мути. В 2018 году стал финалистом конкурса молодых дирижеров в Зальцбурге и выступил с оркестром Camerata Salzburg на Зальцбургском фестивале.