Бòльшая часть творческой жизни Сергея Скрипки связана с Российским государственным симфоническим оркестром кинематографии. Он начал сотрудничать с этим коллективом в 1977 году, будучи студентом Московской консерватории в классе профессора Лео Гинзбурга, с 1993 года – художественный руководитель и главный дирижер оркестра. Под руководством Сергея Скрипки Оркестр кинематографии озвучил большинство отечественных кинолент, а также ряд зарубежных фильмов. За это время маэстро обрел уважение коллег, а его творчество стало неотъемлемой частью отечественного кинематографа.
Творческая дружба связывает музыканта с известными мастерами кино. Неоднократно на сцену с маэстро и его оркестром выходили выдающиеся режиссеры Эльдар Рязанов, Никита Михалков, Сергей Соловьёв, Пётр Тодоровский, знаменитые артисты, композиторы, сценаристы. Слушателям запомнились яркие программы, посвященные юбилеям Геннадия Гладкова, Эдуарда Артемьева, Александра Зацепина, Алексея Рыбникова, Владимира Дашкевича, Полада Бюльбюль-оглы, Максима Дунаевского, вечера памяти Тихона Хренникова, Андрея Петрова, Исаака Шварца, Евгения Птичкина, Оскара Фельцмана, Микаэла Таривердиева, Никиты Богословского, Кирилла Молчанова, Георгия Гараняна, Ролана Быкова. С 2006 года Сергей Скрипка и оркестр кинематографии осуществляют в Московской филармонии уникальный проект – персональный абонемент «Живая музыка экрана».
Сергей Скрипка сотрудничал со многими российскими коллективами, гастролировал в России и за рубежом. Выступал и записывался с известными солистами – Михаилом Плетнёвым, Дмитрием Хворостовским, Сергеем Судзиловским, Александром Ведерниковым, Любовью Казарновской, Алексеем Любимовым, Андреем Диевым, Родионом Замуруевым, Александром Гиндиным, Алексеем Набиулиным, Алёной Баевой, Гайком Казазяном, Никитой Борисоглебским и другими. С 1975 года руководит Жуковским симфоническим оркестром. В течение 27 лет был профессором кафедры оркестрового дирижирования РАМ имени Гнесиных.
В репертуаре дирижера – произведения разных эпох и жанров: от барокко до новейшей музыки, от высокой классики до лучших образцов эстрады. Впервые в России маэстро исполнил ораторию «Страсти по Марку» Рейнхарда Кайзера, а также осуществил первые записи на CD ряда произведений Глиэра, Мосолова, Шебалина, Денисова. В 2018 году Сергей Скрипка провел мировую премьеру реквиема «Девять шагов к преображению» Эдуарда Артемьева. Постоянный участник жюри кинофестивалей и музыкальных конкурсов. Входит в состав двух российских киноакадемий – «НИКА» и «Золотой орёл», член Союза кинематографистов России. Заслуженный деятель искусств Российской Федерации (1993), Народный артист Российской Федерации (1998), Почётный гражданин города Жуковского (2004), лауреат премии Правительства России в области культуры (2010), награжден Орденом Почета (2016).
