София Яковенко родилась в 2003 году в Донецкой области. Начала обучение музыке в городской ДМШ, продолжила в Московской средней специальной музыкальной школе (колледже) имени Гнесиных. В 2021 году поступила в Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс Татьяны Беркуль).
Лауреат региональных, российских и международных конкурсов: имени Михаила Эрденко (2013, Гран-при), имени Леонида Когана (2014 – Гран-при), имени Леопольда Ауэра (2017, I премия), имени Андреа Постаккини в Фермо (2019, I премия), Демидовского юношеского конкурса «ДеМЮКС» (2019, I премия), V Манхэттенского международного музыкального конкурса (2020, Серебряная медаль), IV Всероссийского музыкального конкурса (2022, II премия), I Всероссийского музыкального конкурса «Звезды EXEED» (2023, I премия). Победитель Большого всероссийского отбора Российского национального оркестра (2021). Обладательница Гранта мэра Москвы (2018).
Выступала в Москве, Санкт-Петербурге, Киеве, Каунасе, Париже, Дюссельдорфе, Хельсинки и других городах. Играла в сопровождении Государственного камерного оркестра «Виртуозы Москвы», Российского национального оркестра, Симфонического оркестра Государственной академической капеллы Санкт-Петербурга, Камерного оркестра Игоря Лермана, Камерного оркестра Московской консерватории, оркестров Белгородской, Ульяновской, Ярославской, Донецкой и Киевской филармоний, оркестра Днепропетровского театра оперы и балета, Калининградского и Каунасского симфонических оркестров и других коллективов под управлением дирижеров Владимира Спивакова, Александра Чернушенко, Филиппа Чижевского, Павла Петренко, Александра Канторова, Александра Титова, Александра Андреева, Эдуарда Дядюры, Вильмантаса Калиунаса, Винченцо Миллетари, Вячеслава Реди, Владимира Гаркуши, Валерия Матюхина, Сергея Смбатяна, Феликса Коробова, Айрата Кашаева, Игоря Манашерова, Дмитрия Филатова и других. Принимала участие в фестивалях «Музыкальный Олимп», «Москва встречает друзей», молодых музыкантов в Каунасе, «Gnessin Air на Знаменке», III Санкт-Петербургском международном фестивале скрипки «Скрипка. Фестиваль. Санкт-Петербург» и др.
С 2022 года – участница проектов Санкт-Петербургского Дома музыки.
