София Яковенко родилась в 2003 году в Донецкой области. Обучалась в Московской средней специальной музыкальной школе (колледже) имени Гнесиных. В 2021 году поступила в Московскую государственную консерваторию имени П. И. Чайковского (класс Татьяны Беркуль).
Лауреат региональных, российских и международных конкурсов: имени Леонида Когана (2014, Гран-при), имени Леопольда Ауэра (2017, I премия и специальный приз), имени Андреа Постаккини в Фермо (2019, I премия), Демидовского юношеского конкурса «ДеМЮКС» (2019, I премия), V Манхэттенского международного музыкального конкурса (2020, Серебряная медаль), IV Всероссийского музыкального конкурса (2022, II премия), I Всероссийского музыкального конкурса «Звезды EXEED» (2023, I премия). Победитель Большого всероссийского отбора Российского национального оркестра (2021) и V Венского международного музыкального конкурса (2024, номинация «скрипка»). Обладательница Гранта мэра Москвы (2018).
Выступала на ведущих сценах России, Украины, Франции, Германии, Италии, Финляндии, Латвии и Литвы. Играла в сопровождении Госоркестра России имени Е. Ф. Светланова, Государственного камерного оркестра «Виртуозы Москвы», Российского национального оркестра, Симфонического оркестра Государственной академической капеллы Санкт-Петербурга, Камерного оркестра Игоря Лермана, Костромского губернского симфонического оркестра, оркестров Белгородской, Ульяновской, Ярославской филармоний, Калининградского и Каунасского симфонических оркестров, ансамбля Questa Musica под управлением Владимира Спивакова, Александра Чернушенко, Филиппа Чижевского, Александра Канторова, Александра Титова, Сергея Смбатяна, Феликса Коробова и других известных дирижеров. Выступала в дуэте со скрипачом Вадимом Репиным.
Принимала участие в фестивалях «Музыкальный Олимп», «Москва встречает друзей», молодых музыкантов в Каунасе, «Gnessin Air на Знаменке», «Творческая молодежь Московской консерватории», Большом летнем музыкальном фестивале «Сириус», «Скрипка. Фестиваль. Санкт-Петербург» и других.
С 2022 года – участница проектов Санкт-Петербургского Дома музыки. Принимает участие в абонементных программах Московской филармонии и Московской консерватории.