Софи Юнкер родилась в 1985 году в Вервье (Бельгия). Окончила Высший институт музыки и педагогики в Намюре и Высшую школу музыки и драмы Гилдхолл в Лондоне. В 2010 году одержала победу на Международном Генделевском конкурсе в Лондоне, в 2012 году – на Международном конкурсе имени Антонио Чести в рамках фестиваля старинной музыки в Инсбруке.
Выступает в постановках Английской национальной оперы, Оперы Анже и Нанта, Королевской оперы Валлонии в Льеже, Королевской оперы Версаля, на международных фестивалях в Глайндборне, старинной музыки в Инсбруке, Генделевских фестивалях в Лондоне и Гёттингене. Сотрудничает с известными дирижерами, в числе которых Гарри Бикет, Лоуренс Каммингс, Кристиан Кёрнин, Ричард Эгарр, Пол Маккриш, Кристоф Руссе, Масааки Судзуки, Стефано Монтанари.
В репертуаре певицы – партии в операх и ораториях эпохи барокко и классицизма, в том числе Доринда, Израильтянка, Сигизмунд, Аспазия, Мелхола («Орландо», «Эсфирь», «Арминий», «Александр Балас», «Саул» Генделя), Итальянка («Медея» Шарпантье), Феб («Кастор и Поллукс» Рамо), Друзилла и Добродетель («Коронация Поппеи» Монтеверди), Меланто и Фортуна («Возвращение Улисса на родину» Монтеверди), Амур («Орфей» Глюка), Первая дама, Церлина («Волшебная флейта», «Дон Жуан» Моцарта), а также Ванда (оперетта «Герцогиня Герольштейнская» Оффенбаха), Сестра Констанс («Диалоги кармелиток» Пуленка), главная роль в оперетте «Золушка» Полины Виардо, партии в «Страстях по Матфею», Мессе си минор и кантатах И. С. Баха, «Вечерне Пресвятой Девы Марии» Монтеверди и многие другие.
В 2016 году состоялся американский дебют Софи Юнкер: она выступила в Нью-Йорке и Вашингтоне в постановках компании «Опера Лафайет» – опере «Сафо» Жан-Поля Эжида Мартини и оперетте «Неудачное воспитание» Шабрие. В дальнейшем в число ее сценических работ вошли Кайо («Отон на вилле» Вивальди) на Копенгагенском оперном фестивале, Прозерпина и Эвридика («Сошествие Орфея в ад» Шарпантье) в Лондоне и Гааге, Белинда («Дидона и Эней» Пёрселла) на фестивале «Неделя старинной музыки» в Инсбруке.
В концертных программах Софи Юнкер часто выступает как солистка с ансамблем Concerto Copenhagen под руководством Ларса Ульрика Мортенсена (в частности, с кантатой «Дочь короля эльфов» Нильса Гаде), ансамблем La Nuova Musica под руководством Дэвида Бейтса, ансамблями Vox Luminis, Le Concert de la Loge под управлением Жюльена Шована. Она участвовала в исполнении «Страстей по Иоанну» И. С. Баха с Ensemble 1704, оратории «Сотворение мира» Гайдна с Российским национальным оркестром, Больших мотетов Люлли с Камерным хором Намюра под управлением Леонардо Гарсии Аларкона. С сольной программой из произведений Рейнальдо Ана выступила в Мадриде, а также дала несколько концертов на Оксфордском песенном фестивале.
Исполнила партию Кунигунды («Сигизмунд» Винчи) в Гливице, Вене и Москве, партию Галатеи («Ацис и Галатея» Генделя) в Утрехте, дебютировала в Государственной опере Берлина в партии Друзиллы («Коронация Поппеи» Монтеверди») под управлением Диего Фазолиса. Также выступила в роли Лизетты («Тайный брак» Чимарозы) в Королевской опере Валлонии, в роли Венеры («Разделение мира» Легренци) под управлением Кристофа Руссе в Страсбурге, Мюльхаузе, Кольмаре, Нанси и Версале, в партии Ауреллии («Верный пастух») – на Генделевском фестивале в Галле. Среди концертных программ – выступления с ансамблем Le Poème Harmonique под управлением Венсана Дюместра в Москве и Версале и с ансамблем Arcangelo под управлением Джонатана Коэна в Гонконге.
В числе ангажементов сезона 2021/22 – «Сигизмунд» Винчи (Кунигунда) и сольные концерты на фестивале в Дортмунде, «Неистовый Роланд» Вивальди (Анжелика) в парижском зале «Музыкальная Сена», «Мессия» Генделя в Нидерландской Рейсопере (Амстердам), «Юлий Цезарь в Египте» Генделя (Клеопатра) в Энсхеде, «Темные утрени» Куперена в Королевской опере Версаля.
В дискографии певицы – записи ораторий «Иеффай» Кариссими, «Эсфирь» Генделя, оперы «Сельское испытание» Гретри, светских кантат И. С. Баха, альбом музыки XVI–XVII веков Stravaganza d'amore, записанный с ансамблем Pygmalion под управлением Рафаэля Пишона. В начале 2020 года вышел первый сольный диск Софи Юнкер La Francesina под лейблом Aparté.