Родился в 1939 году в Вене. Первоначальное образование получил как пианист и виолончелист, в дальнейшем занимался дирижированием в Венской консерватории у знаменитого маэстро Ганса Сваровского, воспитавшего целую плеяду известных музыкантов (З. Мета, К. Аббадо, Дж. Синополи, М. Янсонс). Помимо этого, посещал летние мастер-классы Ловро фон Матачича и Герберта фон Караяна.
Творческая деятельность молодого дирижера началась в 1960-е годы: он руководил Венским барочным ансамблем, был хормейстером Венской Фольксопер и первым капельмейстером Государственного театра Зальцбурга. C 1975 по 1983 год возглавлял Оркестр имени Брукнера в Линце, с которым провел свыше 300 концертов в Германии, Чехии, Венгрии, Испании.
Прочные контакты установились у Т. Гушльбауэра с Францией. В 1969 году он был первым капельмейстером, а в 1971 году — главным дирижером Лионской оперы. В течение 1983—1997 гг. возглавлял Страсбургский филармонический оркестр, а также был художественным руководителем Национальной Рейнской оперы в Страсбурге. За эту деятельность, наряду с дирижером Клаудио Аббадо и певицей Натали Дессей, в 1996 году Т. Гушльбауэр был награжден французской премией "Victoire", а год спустя получил из рук тогдашнего Президента Франции Жака Ширака Орден Почётного Легиона.
В 1997—2001 годах Теодор Гушльбауэр был Генеральным музыкальным директором Государственной филармонии земли Рейнланд-Пфальц.
Отметив в 2009 году свой 70-летний юбилей, маэстро продолжает вести активную концертную жизнь. Он сотрудничает с известными европейскими коллективами: Венским филармоническим оркестром, Немецким симфоническим оркестром Берлина, Симфоническим оркестром Баварского радио, Мюнхенским филармоническим, Лондонскими Симфоническим и Филармоническим оркестрами, Израильским филармоническим, Национальным симфоническим оркестром радио и ТВ Италии в Турине (RAI), оркестрами Парижа, Французской Швейцарии, Лейпцигского «Гевандхауза», Цюрихского «Тонхалле», театра Ла Скала, Академии Санта Чечилия, а также рядом японских и латиноамериканских коллективов. Он дирижирует оперными спектаклями в известных театрах мира: в Вене, Гамбурге, Мюнхене, Кёльне, Париже, Цюрихе, Женеве, Брюсселе, Лиссабоне.
Т. Гушльбауэр приглашается к участию в крупнейших музыкальных фестивалях: в Зальцбурге, Экс-ан-Провансе, Вероне, Люцерне, Монтрё, Брегенце, Оксфорде, во Фландрии, «Пражская весна», Шопеновском фестивале в Варшаве, «Флорентийский музыкальный май».
Репертуар дирижера охватывает свыше 100 опер и огромное количество симфонических произведений. Многочисленные записи дирижера (из более 60-ти), удостаивались почетных премий, в том числе Grand Prix du Disque.
Маэстро отмечен многими государственными наградами, включая Моцартовскую премию от Общества Гёте в Базеле, Австрийский Крест за заслуги в области науки и искусства, Почетный приз Ассоциации Alsace.