Томас Троттер родился в 1957 году. Обучался в Королевском колледже Кембриджа, затем в Париже у знаменитой органистки Мари-Клер Ален. По окончании ее курса был отмечен премией Prix de Virtuosité. Лауреат I премии международного конкурса в рамках органного фестиваля в Сент-Олбансе (Англия, 1979).
В 1983 году был назначен главным органистом Бирмингема, унаследовав пост от сэра Джорджа Талбен-Болла. Ныне его «резиденция» находится в обновленном историческом Таун-холле. Является также органистом-резидентом Симфони-холла, где располагается большой симфонический инструмент немецкой фирмы Klais. Кроме того, Троттер – органист Церкви Св. Маргариты Вестминстерского аббатства в Лондоне и приглашенный профессор Королевского Северного музыкального колледжа в Манчестере.
В качестве солиста играл с Венским, Берлинским и Лондонским филармоническими оркестрами, лондонским оркестром The Philharmonia и многими другими ведущими коллективами под управлением Саймона Рэттла, Бернарда Хайтинка, Риккардо Шайи, Валерия Гергиева, Чарльза Макерраса, Юкки-Пекки Сарасте, Сакари Орамо, Эдварда Гарднера, Франсуа-Ксавье Рота, Петри Сакари, Андриса Нелсонса, Томаса Сёндергора.
Регулярно гастролирует в Европе и США, где дебютировал в 1987 году с Симфоническим оркестром Сан-Франциско. Выступал с сольными концертами в престижных залах Берлина (Филармония), Лейпцига (Гевандхаус), Вены (Музикферайн), Лондон (Королевский Фестивал-холл), Москвы (Дом музыки), Будапешта (Дворец искусств), Санкт-Петербурга, Мангейма, Нэшвилла и др.
Играл на исторических органах в аббатстве Сент-Уэн в Руане, Церкви Св. Бавона в Харлеме, Соборе Св. Павла в Лондоне, Церкви Христа в Дрездене, аббатстве Вайнгартен в Германии, Зале Вулси в Йельском университете и других. Выступал с Королевским балетом Ковент-Гарден в Лондоне (исполнил Концерт для органа и струнных Пуленка). Участвовал в фестивалях в Зальцбурге, Берлине, Вене, Эдинбурге, Лондоне (BBC Proms и фестиваль музыки Мессиана), Бате, старейшем в Европе «Фестиваля трех хоров» в Вустере (Англия), органных форумов в Норвегии, Финляндии, Швеции, фестиваля «Девять веков органа» в Концертном зале имени Чайковского в Москве и др.
Был консультантом при строительстве органа фирмы Marcussen в Бриджуотер-холле в Манчестере, органа фирмы Klais в бирмингенском Симфони-холле. Выступал с концертами на церемонии инаугурации органа в Московском международном Доме музыки, на торжественном открытии реконструированных органов в Северенс-холле (Кливленд), часовне Принстонского университета, амстердамском Консертгебау, лондонском Королевском Альберт-холле, Зале Св. Давида в Кардиффе.
С 1989 года – эксклюзивный артист фирмы Decca. В обширной дискографии Троттера, выпущенной под лейблами Decca, Hyperion, Chandos и другими, – произведения Баха, Солера, Шумана, Листа, Яначека, Дюпре, Пуленка, Мессиана и других мастеров; виртуозные пьесы для органа; многочисленные транскрипции. Большинство записей сделаны в концертных залах Бирмингема, а также в залах и соборах других городов Великобритании, стран Европы и США. Альбомы органиста не раз удостаивались «выбора редактора» и «выбора критиков» журнала Gramophone. За диск с сочинениями Листа Троттер получил Grand Prix du Disque – главную награду Франции в области звукозаписи.
В мае 2001 года музыкант был удостоен премии Королевского филармонического общества как лучший инструменталист, став первым органистом, получившим эту награду. В 2003 году стал почетным доктором Бирмингемского Городского университета (бывший колледж искусств), в 2006 году – Бирмингемского университета.
Удостоен престижной награды Королевского симфонического общества для музыкантов-исполнителей в знак признания его особых достижений как «одного из выдающихся представителей органного искусства». В 2012 году получил награду Нью-Йоркского отделения Американской гильдии органистов как «иностранный исполнитель года». В 2016 году награжден медалью Королевского колледжа органистов.
