Тон Коопман родился в голландском городе Зволле в 1944 году. Получил образование в Амстердамской консерватории, где обучался игре на органе и клавесине, а также изучал историю музыки. Уже с самого начала занятий музыкой Тон Коопман увлекся историческим исполнительством на старинных инструментах и 1969 году создал свой первый барочный ансамбль (в то время музыканту было всего 25 лет). В 1979 году он основал Амстердамский барочный оркестр, а в 1992 году — Амстердамский барочный хор. Кроме того, он является художественным директором французского фестиваля «Itinéraire Baroque».
В качестве солиста, концертмейстера и дирижера Коопман оставил огромное количество записей, которые вышли на известных мировых фирмах Erato, Teldec, Sony, Philips и DG, а также на собственном лейбле музыканта «Антуан Маршан».
За свою 45-летнюю карьеру Тон Коопман выступил на пяти континентах в крупнейших мировых залах и известнейших фестивалях. Ему довелось играть на самых престижных исторических органах Европы. В качестве клавесиниста и руководителя Амстердамского барочного оркестра и хора он постоянно приглашается в такие прославленные залы мира, как Амстердамский Консертгебау, Театр Елисейских полей в Париже, Мюнхенская филармония, Франкфуртская Alte Oper, Линкольн-центр и Карнеги-холл в Нью-Йорке, а также ведущие концертные залы в Вене, Лондоне, Берлине, Брюсселе, Мадриде, Риме, Зальцбурге, Токио и Осаке.
С 1994 по 2004 год Тон Коопман исполнил и записал на диски все кантаты И. С. Баха. Этот уникальный масштабный проект принес дирижеру награду Немецкий критиков в области звукозаписи "Echo Klassik", премию BBC-2008, Приз Гектора Берлиоза, а также номинации на премию Грэмми (США) и премию «Граммофон» (Великобритания). В 2000 году Тон Кooпман получил почетную докторскую степень Университета Утрехта за свою научную работу о Кантатах и Пассионах И. С. Баха, также удостоился престижной премии «Серебряный фонограф» и премии VSCD в области классической музыки. В 2006 году маэстро был награжден Баховской медалью города Лейпцига.
Недавно Тон Коопман приступил к другому значительному проекту: записи полного собрания сочинений Д. Букстехуде — одного из великих предшественников Баха. Начиная с 2010 года будет выпущено 30 компакт-дисков. Тон Коопман также является президентом «Международного общества Дитриха Букстехуде».
Тон Коопман чрезвычайно востребован как приглашенный дирижер и сотрудничает со многими известными оркестрами Европы, США и Японии. Он был главным дирижером Камерного оркестра Нидерландского радио, сотрудничал с Королевским оркестром Консертгебау, Немецким симфоническим оркестром Берлина, оркестром Цюрихского Тонхалле, оркестром Баварского радио, симфоническими оркестрами Бостона, Кливленда и Чикаго, Филармоническим оркестром Радио Франции, Немецким камерным филармоническим оркестром, Венским симфоническим оркестром, Нью-Йоркским и Стокгольмским филармоническими, оркестром итальянского радио RAI в Турине и оркестром Академии Санта-Чечилия в Риме.
После успешных гастролей с Кливлендским оркестром в 2008 году, Коопман получил приглашение в течение трех лет руководить художественными программами этого коллектива.
Известность Тону Коопману принесли и его музыковедческие работы. В частности, в на протяжении нескольких лет он занимался редактированием всех органных концертов Генделя для издательства Breitkopf & Härtel. Недавно под его редакцией вышли «Мессия» Генделя и и «Das Jüngeste Gericht» Букстехуде в издательстве Carus. Тон Коопман ведет класс клавесина в Королевской консерватории в Гааге, является профессором Лейденского университета и является почетным членом Королевской академии музыки в Лондоне.