Петр Вагнер родился в 1969 году. Окончил Пражскую Консерваторию по классу виолончели (проф. Йозеф Хухро). Изучал музыковедение в Карловом Университете (Прага) и в Королевском колледже Холлоуэй Лондонского Университета, где начал заниматься на виоле да гамба под руководством проф. Ричарда Бутби. Занятия продолжились в Дрезденской Академии Старинной музыки (класс проф. Яапа тер Линдена). После окончания Академии Петр Вагнер получил приглашение в Королевскую Консерваторию Гааги, где учился у Виланда Кёйкена и по окончании был удостоен престижного диплома Uitvoerend Musicus (исполнитель-солист, прошедший курс бакалавриата).
Петр Вагнер – постоянный участник крупных музыкальных фестивалей Европы и Америки (Иль де Франс, Пражская весна, Дни старинной музыки в Шопроне, чешско-германский фестиваль «Центр Европы», фестиваль Старинной музыки в Брежице, Вроцлавский Музыкальный Форум, фестиваль «Единая Моравия», Бостонский фестиваль Старинной музыки и др.), где он выступает и как солист, и как исполнитель партии basso continuo, сотрудничая с такими известными музыкантами, как Жак Огг, Шалев Ад-Эль, Мици Мейерсон, Брюс Дики, Брент Уиссик, Миклош Шпаньи, Петер Шутс, Симон Штандаге, Офира Закаи, Магдалена Кожена, Ноэми Киш и с такими ансамблями, как Concerto Palatino, Orfeo Orchestra, Les Inégales Köln, Concerto Armonico Budapest и Oslo Baroque Soloists. Также он часто приглашается, в качестве преподавателя, на различные международные курсы и летние школы по старинной музыке (в Чехии, Польше, Германии, США, и др.).
Петр Вагнер – руководитель созданного им в 1998 году ансамбля Tourbillon, в котором играют всемирно признанные музыканты. Основу репертуара коллектива составляет западноевропейская музыка XVII-XVIII веков (Куперен, Бах, Марэ, Ребель, Перселл, Фишер, Гендель, и пр.).
Выступления Петра Вагнера регулярно транслируются (в прямом эфире или в записи) Чешским радио и телевидением.
Помимо исполнительской деятельности, Петр Вагнер участвует в организации фестиваля Старинной музыки в Чешском Крумлове, а также преподает в Праге и во Вроцлаве (в Музыкальной академии Кароля Липинского).
К настоящему моменту выпущено около сорока компакт-дисков с участием Петра Варнера. Его сольные записи музыки Шарля Долле (Dorian Recordings, 2003) и Готфрида Фингера (Arta, 2006) получили самые лучшие отзывы музыкальных критиков и горячо приняты ценителями аутентичного исполнительства во все мире. Весной 2010 года фирмой ACCENT будет выпущен еще один сольный диск музыканта: первая в истории запись «Пьес для виолы» Ролана Марэ.