Жан-Марк Гужон получил образование в Париже. В составе ансамбля «Матеус» под руководством Жана-Кристофа Спинози он выступает более пятнадцати лет, концертируя на таких престижных сценах, как парижские Театры Елисейских полей и Шатле, лондонские Альберт-холл и Уигмор-холл, петербургский Михайловский театр, нью-йоркский Карнеги-холл, залы Зальцбурга.
Жан-Марк Гужон часто выступает в составах камерных ансамблей, играя на инструментах тех эпох, в течение которых написаны те или иные произведения. Так, на барочной флейте он играл сонаты Г. Ф. Генделя (с клавесинистом Эвальдом Демейером), а на современной – флейтовую сонату С. С. Прокофьева (с пианистом Ваганом Мартиросяном).
Другое увлечение музыканта – джаз. Здесь он выступает в амплуа флейтиста и пианиста, принимая участие во французских фестивалях Jazz à Vannes (Ванн), Musicora (Париж), «Старые Плуги» (Каре-Плугер), в экзотическом шведском open-airтеатре Дальхалла в провинции Даларна. Жаном-Марком Гужоном записаны пять компакт-дисков, где он предстает как композитор, музыкант-импровизатор и аранжировщик.
Среди событий последних лет – выступления с оркестрами из Швейцарии (La Scintilla, IBarrocchisti), с Барочным оркестром Аргентины, сотрудничество с дирижерами Николаусом Арнонкуром, Джованни Антонини, Диего Фазолисом.
Недавно Жан-Марк Гужон принимал участие в записи альбома Чечилии Бартоли (диск выйдет в октябре 2014). В ноябре он выступит в рамках европейских гастролей оперной дивы – в качестве солиста ансамбля I Barrocchisti.